安装fastqc（含安装步骤及遇到的问题）

之前已经安装过fastqc，换了台电脑之后，按照之前的方法安装，

出现了点小问题，所以来记录一下

首先下载

wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip ./

 解压后，修改文件夹权限

unzip fastqc_v0.11.5.zip
cd FastQC
chmod 777 fastqc

一般没什么问题的话到这一步就应该安装成功了

另外，fastqc软件需要java的环境

which java

可以查看是否有java，如果没有的话自行安装

完成以上步骤后，可以使用

fastqc --version

来验证是否安装成功

显示FastQC v0.11.9即为成功安装该版本的fastqc

另外，安装之后，使用

./fastqc

出现如下

No X11 DISPLAY variable was set, but this program performed an operation which requires it.

 到这里我以为没有安装成功，于是在csdn上搜索了半天，最后发现是用fastqc --version来验证是否安装成功的。。。

2023.12.10

今天在自己笔记本上配置RNA-seq的环境，重新安装软件，于是打开了本文档按顺序安装，结果安装的fastqc还是有问题，因此继续记录一下吧：

# 查看版本
fastqc --version

结果出现：

这是因为我们环境中的java版本太低了，fastqc需要Java 9，因此需要更新我们的java。