R实用绘图--弦图 / circlize包

R实用绘图系列主要是带领大家绘制一些实用、好看而又不太复杂的科研常用图形，主打一个实用，该系列会持续更新，有需要的小伙伴赶紧关注起来吧。

预备知识

今天带领大家绘制的是弦图，主要用到的是circlize包中的chordDiagram()函数。和弦图与桑基图比较类似，可以展示类别型数据之间的关系和流向。连接两个数据点之间的弧线可以通过方向、颜色、线型、线宽和与圆的接触面积来展示不同纬度的关系信息。

弦图的优点在于它能把复杂的数据关系可视化，数据关系呈现的更加直观，缺点是当连接数过多的时候，弦图会比较混乱。

图形解读

绘图示例中展示的是生物学通路与基因的关系，一般情况下一个通路中往往存在多个基因，一个基因也可以属于多条通路。

绘图

加载包

# devtools::install_github('jokergoo/circlize')
library(circlize)
library(tidyverse)
library(RColorBrewer)

数据准备

输入数据有三个，一个是from端和to端构成的数据框，还有两个分别是from端和to端对应的颜色向量。示例数据中的from端是生物学通路，to端是基因。

# 创造通路和基因数