药物化合物信息查询系统(精选常用的5个)

人类与动物最大的差别来自于人类善于利用工具。从利用石头开始、火、铁器、蒸汽、计算机每一次工具的升级都能带来更多的无限可能。应用到各行各业都是相通的,好的工具带来的更好的效果,正所谓‘工欲善其事,必先利其器’。

而对于药物化合物信息查询也是如此,需要有一个得力的系统才能更高效全面的了解药物化合物信息。一般对药物化合物信息查询系统有pharnexcloud 、pubchem、chemspider、DrugBank、Toxnet等。

这些药物化合物信息查询系统都各有自己的数据特色,下面逐一讲解,对号选用。

  • Pharnexcloud(药融云)

Pharnexcloud(药融云)可以通过CAS号、药物化合物名称、InChI、InChIKey、MDL、EINECS、Beilstein、化学结构式检索查询药物化合物的专利、原料药、供应商、药品(制剂)、适应症、试验、企业、治疗领域、研发、谱图等信息,还可以通过药物化合物所制药品的全管线信息。该数据化合物信息(约1亿)、化学反应(约2000万),并通过文献分类标题可以查看相关文献(3000万+)。

 

Pharnexcloud药融云生物医药大数据一站式检索系统,是集全球生物医药全产业链数据为一体的大数据平台,数据覆盖了九大数据库群包含了医药研发、生产检验、市场销售、合理用药等生物医药全生命周期数据。

  • Pubchem

PubChem 检索可得到的结果包含分子式、 SMILES 、 2D 和 3D 结构、 InChl 和 InChIKey 、相对分子质量、脂水分配系数、氢键受体和供体数目、可旋转键数目、互变异构体数目等基本的结构信息和物化性质,除此以外,还有该化合物作为药物的型信息、药理性质、毒性、生物活性检测等信息, Pubchem 数据库于 2004 年正式对方开放使用,数据信息被划分成三个相互关联的数据库,即 PubChem Substance 、Pubchem Compound 和 PubChem BioAssay ,这三个数据库都隶属于 NCBI 的 Entrez 信息检索系统。

 

  • Chemspider

ChemSpider隶属于英国化学会的汇总的化学信息查询系统,包含了来自不同资源提供的五千五百多个化合物信息。现在,该数据库含有的信息包括海洋天然产物数据、ACD实验室化学数据库、EPA的DSSTox数据库以及化学物质信息。数据库提供以下查询方式:标准查询方式包括系统名称、商业名称和同义词、登记号查询;高级查询方式提供互动式搜索,通过化合物结构、化合物子结构,分子式以及分子量、CAS编号搜索。

 

  • DrugBank

该数据库是一个生物信息学和化学信息资源相结合的药物和药物靶标数据库。该数据库包括8206个药物条目,包括1991个FDA批准的小分子药物,207个FDA批准的生物技术(蛋白/肽)的药物,93个营养品和6000的实验药物。另外,4333个非冗余蛋白质(即药物靶标/酶/转运体/)序列被链接到这些药物条目上。

药物信息包括了该药物的CAS号、商品名、分式、分量、SMILES、2D和3D结构、logP, logS, pKa、熔点、吸收性、Caco—2细胞穿透性、药物类别和临床使用、性质描述、剂型与给药途径、半衰期、体内的生物转化、毒性、作用于哪些生物体、食物对服用的影响、与其它药物的相互作用、作用机理、代谢途径、药理学特征、与蛋白质的结合情况、溶解度、物质形态、同义词、合成等,与ChEBI, GenBank, PubChem等外部数据库有链接。

 

  • Toxnet

Toxnet是美国国家医学图书馆(nlm)的化合物毒性相关数据库,包括药品毒理学、危险化学品和其它相关领域的信息,系统进行检索:

HSDB(危险化合物数据库):内含4500种毒性(或可能具有毒性的)化学药品,以及其毒性、对环境的影响、化学安全性、废弃物处置等相关领域的信息。

 

TOXLINE®:包括药物和其它化学物质的生物化学、药理学、生理学、毒理学的文献数据库。其中有300万条引文、摘要和检索条、以及CA登录号。

ChemIDplus:对NLM数据库中的化学物质提供结构式和专业信息。

如果说你在对某个药物化合物信息查询研究时,相信以上几个药物化合物信息查询系统能给你带来最全面的信息。

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秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)在药物靶标亲和力预测模型中具有重要的作用。线虫是一种常用的模式生物,其基因组相对简单且已经被完整测序,具有许多与人类相关的保守基因。因此,线虫可以作为药物靶标的模型系统,用于评估化合物与目标蛋白之间的亲和力。 以下是秀丽隐杆线虫在药物靶标亲和力预测中的作用: 1. 高通量筛选(HTS):线虫可以应用于高通量筛选实验,通过暴露线虫于化合物库,观察其对线虫生理和行为的影响,从而筛选出具有潜在药物活性的化合物。 2. 药物代谢和毒性评估:线虫可以用于评估化合物的毒性和药代动力学特性。通过观察线虫对化合物的生存、生长、繁殖等生理指标的影响,可以初步评估化合物的安全性和药物代谢特性。 3. 基因编辑和突变体研究:线虫具有便于进行基因编辑和突变体研究的优势。通过基因编辑技术,可以在线虫中引入人类靶标蛋白的突变,进一步研究该蛋白与药物的相互作用。 4. 药物机制研究:线虫作为模型生物,可以帮助揭示药物的作用机制。通过观察线虫对化合物的反应,结合基因表达分析等方法,可以深入了解化合物与靶标蛋白之间的相互作用和作用途径。 综上所述,秀丽隐杆线虫在药物靶标亲和力预测模型中可以提供高通量筛选、毒性评估、基因编辑和突变体研究等方面的信息,为药物发现和药物研究提供重要的支持。

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