利用GROMACS进行蛋白质-配体复合物模拟

涉及软件如下：

• Ambertools
• GROMACS 2018
• Gaussian 09

配体处理

• 配体加氢

          加氢的方式有很多，比如Gaussian 、Ambertools里的reduce、或者PyMol等

reduce ligand.pdb > ligand_h.pdb

• 利用antechamber生成Gaussian的输入文件

antechamber -i ligand_H.pdb -fi pdb -o ligand.gjf -fo gcrt -pf y -gm "%mem=10GB" -gn "%nproc=30" -nc 0 -gk "#HF/6-31G*SCF=tight Test Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) iop(6/50=1) opt nosymm" -ge ligand.gesp -gv 1

• 利用Gaussian 09计算RESP电荷

g09 < ligand.gjf > ligand.out

• 利用antechamber获得包含RESP电荷的配体参数文件

antechamber -i ligand.out -fi gout -c resp -o ligand_resp.mol2 -fo mol2 -pf y
parmchk -i ligand_resp.mol2 -f mol2 -o ligand.frcmod

• 生成配体的力场参数文件

echo "source leaprc.gaff 
loadamberparams ligand.frcmod 
lig = loadmol2 ligand_resp.mol2 
check lig 
savepdb lig lig_amber.pdb
saveamberparm lig lig.prmtop lig.inpcrd 
quit" > tleap.in

tleap -s -f tleap.in

• 将配体的结构和拓扑文件转换成gromacs格式

acpype -p lig.prmtop -x lig.inpcrd -d

构建模拟体系

• 生成蛋白质拓扑文件

        根据个人目的选择需要的力场和水模型

gmx_mpi pdb2gmx -f xxxx.pdb -o protein.pdb -p topol_protein << EOF
6
1
EOF

• 准备复合物结构(gro)文件

sed -i 's/HOH/SOL/g' protein.pdb 
#如蛋白质晶体含有结晶水执行上述步骤,如无则忽略
grep -w ATOM protein.pdb | grep -vw SOL > complex.pdb
grep -w ATOM lig_amber.pdb >> complex.pdb
grep -w SOL protein.pdb >> complex.pdb
#如蛋白质晶体含有结晶水执行上述步骤,如无则忽略
gmx_mpi editconf -f complex.pdb -resnr 1 -o complex.gro

• 准备复合物拓扑(top)文件

sed -n '1,/forcefield.itp/p' topol_protein.top > topol.top 
sed -n '/atomtypes/,/moleculetype/p' lig_GMX.top | grep -v moleculetype >> topol.top
sed -n '/moleculetype/,/water topology/p' topol_protein.top | grep -vw water >> topol.top
sed -n '/moleculetype/,/system/p' lig_GMX.top | grep -v system >> topol.top
sed -n '/water topology/,$p' topol_protein.top | grep -vw SOL >> topol.top
echo "LIG   1" >> topol.top

• 构建盒子并填充水及中和系统电荷

gmx editconf -f complex.gro -box 4 -o boxed
gmx solvate -cp boxed -cs spc216 -o b4ion -p
gmx grompp -f em.mdp -p -c b4ion -o ions -maxwarn 1
echo SOL | gmx genion -s ions -p -o b4em -pname NA -pname CL -netural

运行模拟

• 能量最小化

gmx grompp -f em.mdp -p -c b4em -o em
gmx mdrun -v -ntomp 4 -deffnm em

• NVT模拟

gmx grompp -f nvt.mdp -p -c em -o nvt
gmx mdrun -v -ntomp 4 -deffnm nvt 

• NPT模拟

gmx grompp -f npt.mdp -p -c nvt -o npt
gmx mdrun -v -ntomp 4 -deffnm npt

• Production模拟

gmx grompp -f md.mdp -p -c npt -o md
gmx mdrun -v -ntomp 4 -deffnm md