使用gaussian和antechamber拟合RESP电荷过程

使用gaussian和antechamber拟合RESP电荷过程

我们以甲烷为例子
使用gaussian和antechamber拟合RESP电荷的过程大致分为两步：首先通过gaussian计算得到esp电荷，然后使用antechamber拟合resp电荷.

1. 构建分子的结构文件，并存为mol2文件
   
   2 使用gaussian优化结构
   注意：部分参数可以在gaussianview中界面去设置，有的需要手动在文件中设置
   我这里全部手动加入
   保存gjf文件,在修改

%chk=methane.chk
%nproc=32
# opt b3lyp/6-31g(d) scrf=(smd,solvent=water) pop=mk geom=connectivity iop(6/33=2,6/42=6)

Title Card Required

0 1
 C(PDBName=C,ResName=,ResNum=0)                       -1.29000000    2.55000000    0.00000000
 H(PDBName=H,ResName=,ResNum=0)                       -0.93300000    1.54200000    0.00000000
 H(PDBName=H,ResName=,ResNum=0)                       -0.93300000    3.05500000    0.87400000
 H(PDBName=H,ResName=,ResNum=0)                       -0.93300000    3.05500000   -0.87400000
 H(PDBName=H,ResName=,ResNum=0)                       -2.36000000    2.55000000    0.00000000

 1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
 2
 3
 4
 5

bcr_ini.gesp
bcr.gesp

注意：将C(PDBName=C,ResName=,ResNum=0)括号内的信息删除，保留C，我win10上不删除会报错
修改说明：详细参考高斯手册
#p HF/6-31G* SCF Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) iop(6/50=1) opt

• Pop=MK是生成Antechamber可用的gesp文件的关键词
• iop(6/33=2) iop(6/42=6) iop(6/50=1)这几个关键字是要求Gaussian输出RESP Fitting。其中:
  • iop(6/33=2)是进行RESP Fitting并输出到Gaussian的.log文件。
  • iop(6/42=6)是指定精度（的关键字之一）。
    以上两个关键字可以在Gaussian 03及之前的版本中使用。
  • iop(6/50)=1是Gaussian 09 C.01之后推荐的独立于高斯输出文件的resp文件格式，在antechamber中称为"gesp"，使用时需要在高斯输入文件末尾指定单独的gesp的文件名称。
    Gaussian 09B.01（可能还有G09A，没有该版本不知道)“误删”了RESP Fitting的代码，所以以上关键字没一个管用。
    Gaussian 09C.01及后续版本恢复了误删的代码并且加上了gesp的代码，所以以上关键字全部可以使用。
• 并在坐标后面输入两个文件名bcr_ini.gesp和bcr.gesp，（前者为初始结构的RESP电荷，后者为优化后的RESP电荷

3, 高斯拟合

g16 xxx.gjf

生成如下文件， ***.out就是我们需要的

4. 使用Amber 将优化结果转化为.mol2文件

antechamber -i X.out -fi gout -o X.mol2 -fo mol2 -c resp -at amber