更新 | 如何对物种进行 Mapman 注释?

写在前面

Mapman 是一款为植物通路分析专门设计的界面化软件，发表于2004年，其后不断更新，直到今日。我们也常常能在近期发表的一些文章中看到 Mapman 输出图稿的身影。在几年前，我写了系列 Mapman 软件使用指南，其后看到国内其他公众号或网课平台也发布类似内容。从某种角度来说，都推广了Mapman的使用。
甚至有人误以为我参与了Mapman的开发。很遗憾，我没有这个机会，似乎也没有这个能力。不过，在软件使用上，我还是一下子就掌握的。Mapman使用的开始，需要对物种全基因组的蛋白序列进行Mapman注释。官方提供了在线注释工具，但似乎很多人并不能快速找到或者掌握，尽管几年前我就写过教程。正好这两天，在分析点数据，需要注释一个物种，也就记录一下。希望对大伙多少有点帮助。

输入序列的准备

个人建议，直接从基因组序列中，依据基因结构注释信息，提取全基因组的蛋白序列，可以使用 TBtools 的 GXF Sequence Extract 功能。当然，直接从官网下载该物种的蛋白序列全集，也是可行。

开始注释

打开网页

https://www.plabipd.de/portal/mercator4

选择蛋白序列文件

点击 Submit Job 等到即可

如此，提交了任务。当任务完成时，即可看到下述页面
可以看到，很快就完成了

猜想现在估计不是用Blastp?而是使用ghostz或者diamond的Blast加速版本？当然，这个我们基本不用关心了。
其中 “Mercator4 annotation results” 下载解压后，可以直接用于 Mapman 软件导入。老毛病没改过来

对于Mapman annotation 中的序列ID，全都被自动转换成小写。这点是Mapman使用的最大坑，亦即表达矩阵最好也是全部ID转换成小写。
而 Fasta file，则是原始输入的Fasta文件，在 ID 部分增加了注释信息，说实话，还是很人性了。

写在最后

Emmm，总的来说，超级简单。但一直以来还是会有人被这个难倒。或许有些事情，就是会者不难，难者不会？
TBtools，可能也是一样吧。