更实用 批量解析 Sanger 测序.ab1文件 出图出文本

写在前面

年前,推了两个插件,主要针对基因克隆实验中常见需求,即引物设计以及Sanger测序结果解读…(主要还是为了情怀,都是我接触生信之前一直想要的功能…),对应了三个推文:

  1. 实用 | PCR 引物特异性?用Primer Check检测一下

  2. 眼见为实!Sanger测序峰图比对到参考序列 - 直观!

  3. 有点意思!Sanger 测序峰值图自动解析单倍型

其中最后一个推文事实上,是在「TBtools」老铁使用过之后做了增强。转眼两周过去了。万万没想到,不少湿实验的朋友过年期间一直在加班干实验。今天下午,收到南农和老师的反馈信息,主要建议增加一个批量模式,主要原因是,往往基因编辑的结果材料有几十上百株系,而不仅仅是三五个…原本相关工作需要数天,有了插件可能还需要三四天,但如果支持批量模式,那么…
完全在理。收到这个反馈信息的时候,我突然觉得「TBtools」工作确实没做到位。开发「TBtools」的出发点在于减少湿实验科研人员在数据分析上的时间投入,让大伙更多陪伴家人。
稍微迟疑了一会,采纳了和老师的建议,并做了简单调整,于是得到新版插件,暂时略去交互分析,重在批量处理。

Batch Sanger Sequencing Result Check

新插件的界面如下:

图片

相关使用简单,直接给个示例

图片

运行结束后,可以在设置的输出目录中看到输出文件,大体如下

图片

感觉不错~

写在最后

Emmm… 正如前述,

  1. 一个好用的工具,常常用户很多;

  2. 而用户很多的工具,常常才会是好用的工具。

PS: 「生信药丸」上不时会恰饭,后台留言有不少意见…大伙可以有意见,但饭就是要恰,没得商量。

差点忘了…

插件的安装与使用

《TBtools Cookbook》 - 写给「TBtools」所有用户的参考手册 https://www.yuque.com/cjchen/hirv8i
你想知道的,都在里面了:

  1. 软件/数据库的下载/更新

  2. 对应功能的使用说明与具体示例

  3. 常见问题 FAQ 及解决方案

  4. 如何有效提出 TBtools 使用问题从而快速获得回复并得到解决

插件的获取

差点,忘了…

  1. 推文在看,随后分享推文到朋友圈,集齐 6 个点赞,

    截图发送到「香蕉平行线」公众号

  2. 回复 Batch Sanger Check,即可获得下载链接,具体如下

图片

PS II: Emmm… 最近与专门做学术论文编辑/润色的机构 TopEdit (https://topeditsci.com/)有合作,对方提供了TBtools用户专属优惠码(85折),即 TBTOOLS85全网最高折扣码,可以重复使用(如推荐给其他需要的朋友);若发现更高折扣,可以与我提,再争取更高优惠力度…

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Sanger测序效率可以通过多种方法进行计算,以下是一种简单的Python实现: ```python # 输入参数 read_length = 500 # 读长 coverage = 10 # 覆盖度 genome_size = 1e6 # 基因组大小 # 计算每个位置的错误率 q = 10 ** (-0.1 * read_length) # 计算每个位置的正确率 p = 1 - q # 计算每个位点被正确测序的概率 prob_correct = p ** coverage # 计算整个基因组被正确测序的概率 prob_genome_correct = prob_correct ** (genome_size / read_length) # 计算测序效率 efficiency = 1 - (1 - prob_genome_correct) ** coverage # 输结果 print("Sanger测序效率为:{:.2%}".format(efficiency)) ``` 解释一下代码中的每个部分: - `read_length`:读长,即每次测序的DNA片段长度。 - `coverage`:覆盖度,即每个位点被测序的次数。 - `genome_size`:基因组大小。 - `q`:计算每个位置的错误率,使用Sanger测序的质量值公式计算。其中0.1为质量值的转换因子。 - `p`:计算每个位置的正确率。 - `prob_correct`:计算每个位点被正确测序的概率,即每个位点被测序的所有次数都正确的概率。 - `prob_genome_correct`:计算整个基因组被正确测序的概率,即每个位点都正确测序的概率的连乘积。 - `efficiency`:计算Sanger测序的效率,即至少有一个位点错误的概率。 需要注意的是,这只是一种简单的计算方法,实际上Sanger测序的效率还受到许多其他因素的影响,如测序质量、测序深度、序列比对等。
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