宏基因组在传染病研究中的应用

简介

宏基因组学研究广泛应用于土壤、水体等环境样本，以及与人类疾病相关的微生物群落的生物多样性分析。由于宏基因组学无需单独对病原体（如病毒、细菌，真菌和/或寄生虫）分离培养，通过核酸提取纯化可以直接分析临床样本，为传染病病原尤其是未知病原检测提供了新的技术手段和思路。基于宏基因组学的二代测序(mNGS)可以得到样本中全部物种的基因组，通过生物信息学分析技术根据唯一可识别的DNA和/或RNA序列，从而能同时识别所有致病病原体，极大减少逐个排除可疑病原所耗费的时间及人力物力，并可对未知病原或已知变异较大病原进行识别，为传染病防控带来新的思路。此外，NGS方法的另一个关键优点是，测序数据可能被用于除了鉴定致病病原体之外的其他分析，例如通过RNA测序（RNA-seq）对转录组进行分析，从而确定微生物组特征和人类宿主反应的平行分析。目前，mNGS在公共卫生监测、病原检测以及传染病溯源等方面得到了广泛应用。

宏基因数据分析在传染病研究中的应用领域

病原监测：宏基因组数据分析能够克服传统方法的局限性，实现病原的高精度识别，为日常病原监测提供指导。
病原检测：基于宏基因组学的测序数据分析可以对未知的病原进行检测，协助临床诊断。
病原溯源：在调查传染病疫情时，宏基因组学在对样本进行测序分析后，可以对病原进行追溯，找到潜在传播途径，及时确定和切断感染源。
高效控制新发传染病：快速对传染病病原体进行分析，找到源头，对新发传染病进行控制。

经典宏基因数据分析流程