火山图详解

火山图详解

介绍

火山图是散点图的一种，它将统计测试中的统计显著性量度（如p value）和变化幅度相结合，从而能够帮助快速直观地识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的数据点（基因等）。火山图可以方便直观地展示两个样本间基因差异表达的分布情况。通常横坐标用log2（fold change）表示，差异越大的基因分布在两端，纵坐标用-log10（pvalue）表示，T检验显著性P值的负对数。通常差异倍数越大的基因T检验越显著，所以左上角和右上角的数据点往往更具有生物学研究意义。这类图像往往呈现类似火山爆发的样子，于是就被叫做“火山图”（volcano plot）。

火山图在生物学中的应用
在生物信息分析中，火山图是非常常见的一种数据展示形式。由于火山图可以非常清晰的展示出哪些基因在不同样本中是差异表达显著性的基因，因此在生物医学中，常应用于病例和对照组的转录组研究，也能应用于基因组，蛋白质组，代谢组等统计数据。

火山图图例

图解

• 每个点代表一个检测到的差异表达基因。
• 横轴和纵轴用于固定点在空间的位置。横轴表示the fold change，偏离中心越远的点，表示差异倍数越大；纵轴表示FDR adjusted p-value，越靠近顶部的点表示在两个样本中的表达差异越显著。
• 点的大小和颜色也可以表示更多的属性，如上图中点的颜色标记其对应的基因是上调（红色）, 下调（蓝色）还是无差异（灰色）。
  参考文献
  1.Jiang X, Feng L, Dai B, et al. Identification of key genes involved in nasopharyngeal carcinoma[J]. Braz J Otorhinolaryngol, 2017, 83(6).