比较基因组学分析（Comparative Genomics Analysis）

比较基因组学简介
人类基因组计划的实施（The Human Genome Project）开启了基因组时代。随着测序技术的不断进步和测序成本的下降，越来越多的物种基因组被测序，随着原核生物以及真核生物等各种不同物种基因组数据的产生以及研究的深入，开阔了人类对物种进化及生命之树认识的眼界，推动了物种间的比较基因组学的研究。
比较基因组学（Comparative genomics）是基于基因组图谱和测序技术,对一个物种的多个个体（群体）基因组或多个物种基因组的结构和功能基因区域进行比较分析。基因组的结构和功能基因区域主要包括DNA序列，基因，基因家族，基因排序，调控序列，和其它的基因组结构标志。比较基因组学分析，具体来讲就是借助生物信息学的方法通过对多个物种的基因组结构特征进行比较，找出其中的的异同。进而研究物种间基因家族收缩与扩张，分化时间和演化关系，以及新基因的产生与进化等。

比较基因组学一般分析流程

比较基因组学一般分析流程

比较基因组学分析内容：
比较基因组学分析通过比较多物种蛋白序列或者基因位置与相对顺序，包括基因的丢失、复制、水平转移等。鉴定物种之间保守的基因（找物种相似之处），或者某个生物自身特有的基因（找物种不同之处），旨在阐释物种多样性的分子遗传基础。

1. 基因家族聚类分析
2. 查找直系同源基因
3. 系统进化分析
4. 物种分歧时间的估算分析
5. 鉴定基因融合与基因簇
6. 信号通路基因簇重构
7. 基因家族收缩与扩张
8. 全基因组复制事件分析
9. 全基因组共线性比较

参考文献

1. Yang, Y, et al. Prickly waterlily and rigid hornwort genomes shed light on early angiosperm evolution[J]. Nature Plants， 2020. 6(3): 215-222.
2. Nobrega M A, Pennacchio L A. Comparative genomic analysis as a tool for biological discovery[J]. The Journal of Physiology, 2004, 554(1):31-39.