临床宏基因组学的应用

简介

宏基因组( Metagenome）是生境中全部微小生物遗传物质的总和，它包含了可培养的和不可培养的微生物的基因组。宏基因组学就是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象，以测序技术和生物信息学分析技术为研究手段，对微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及微生物与环境之间的关系进行研究。从而解读微生物群体多样性与丰度，探求微生物与环境，微生物与宿主之间的关系，发掘和研究新的、具有特定功能的基因。
临床宏基因组学-Clinical metagenomic next-generation sequencing (mNGS)是对患者样本中微生物和宿主遗传物质（DNA和RNA）进行综合分析的一种新兴的诊断技术，这种新兴的方法正在改变医生诊断和治疗疾病的方式，其应用范围广泛，其应用范围包括抗菌素耐药性研究、微生物组学、人类宿主基因表达（转录组学）和肿瘤学。

临床微生物学研究应用领域

1. 病原体鉴定：如对各种传染病及综合征的样本进行病原体鉴定。
2. 病原微生物组学研究：对疾病和健康状态下的微生物组进行分析，以及人类宿主在感染病原体后的转录组学分析，以及肿瘤相关病毒及其基因组整合位点的鉴定。
3. 公共卫生：从临床样本中鉴定病原体以指导感染患者的管理和治疗策略、公共卫生微生物学和监测社区内的传染病暴发源等。

宏基因组分析流程