RNA绑定DNA和蛋白相互作用的CHIRP实验技术

一、实验原理

免疫共沉淀实验(Chromatin Isolation by RNA Purification, CHIRP)是一种用于研究染色质的空间结构和基因表达调控机制的实验技术。该技术利用RNA探针特异性结合染色质上的RNA分子，通过RNA-蛋白质相互作用实现染色质的分离和富集，进而分析RNA-染色质-蛋白质相互作用网络。

二、实验步骤

1. 细胞交联：使用1%的formaldehyde将细胞交联，通常交联时间为10-20分钟。

2. RNA提取：将交联后的细胞进行裂解，提取RNA，使用biotin化寡核苷酸探针进行RNA的寡核苷酸捕获。

3.免疫共沉淀：将biotin化的RNA探针与细胞提取物进行共沉淀，使用带有亲和标签的抗体捕获RNA-蛋白质复合物。

4. 洗涤和纯化：将共沉淀物进行洗涤，去除非特异性结合的RNA和蛋白质。然后使用热水解的方法将RNA-蛋白质交联断裂，纯化RNA和蛋白质。

5. 分析：对RNA和蛋白质进行分析，例如qRT-PCR、RNA测序、蛋白质质谱等，探究RNA和染色质之间的相互作用。

注意事项：

1. RNA探针的设计需要严格控制其长度、特异性和亲和力。