如何使用MS-DIAL进行小分子数据鉴定分析

一、软件安装

软件直接从官网下载（http://prime.psc.riken.jp/compms/msdial/main.html），下载后，解压，找到MSDIAL.EXE双击打开即可。（软件也可以关注公众号：如期生物，发送“MSDAL教程”获取）。

二、原始文件转格式

不同仪器厂商质谱下机数据有差异，先转成特定的格式再进行分析。

1、安捷伦、AB SEIX下机文件，（即.d、wiff格式），建议转成ABF格式

格式转换软件，可以直接从官网（https://www.reifycs.com/AbfConverter/）下载。（软件也可以关注公众号：如期生物，发送“MSDAL教程”获取）。使用方法，如下：

转换后为ABF文件，用于后面的分析。

2、沃特世(Waters)下机文件，（即.RAW文件夹格式），建议转成mzML格式，再进行分析。

  格式转换软件，可以直接从官网（https://proteowizard.sourceforge.io/download.html）下载，（软件也可以关注公众号：如期生物，发送“MSDAL教程”获取）。使用方法，如下：

所有格式只要能转换就行，不限用哪种格式，只要能方便转换就行 。

三、小分子数据库准备

1、可以直接从MSDIAL官网下载数据库。(链接：http://prime.psc.riken.jp/compms/msdial/main.html#MSP）（数据库也可以关注公众号：如期生物，发送“MSDAL教程”获取）

2、可以直接从mona数据库下载MSP格式数据库。（官网链接https://mona.fiehnlab.ucdavis.edu/downloads）。

3、可以整理自己的代谢数据库。公共数据库，存在不同仪器采集的数据，不同仪器所用碰撞能不一样，产生的质谱二级谱图本身也有差异。另外数据库中还存在着一些理论谱图及低分辨质谱做的二级谱图，直接进行匹配，会造成假阳性的情况。我司经过多年的积累及整理，已经有相对成熟的数据库，如果需要外包检测，可以通过官网及公众号联系（http://bioruqi.com/).

数据库MSP文件，用文本编辑器打开查看（文本查看软件也可以关注公众号：如期生物，发送“MSDAL教程”获取），也可以进行编辑处理，按特定格式整理成想要的格式：

四、数据依赖性数据分析（DDA采集模式）

不同厂家DDA采集名称有差异，本质就是先采一级谱图，再从中挑前面丰度高的数据再进行二级采集的，就是数据依赖性数据。安捷伦的叫法就是auto msms采集模式、AB SEIX的叫IDA采集模式。

1、通过File-New project新建工程文件

2、导入文件

3、按下面步骤设计好具体参数

为了更方便各位老师设置参数，我们把常用正离子、负离参数保存为med2格式。（格式可以通过关注公众号：如期生物，发送“MSDAL教程”获取）。通过文件可以直接把参数导入，不用再设置。导入方法如下：

4、导入数据库

设置完参数后，把准备好的数据库，放入软件中，即可搜索。

5、点击完成，进行搜索。

五、数据非依赖性数据分析（DIA采集模式）

不同厂家DIA采集名称有差异，本质就是把一级全扫的离子，全部进行碎片化，从而避免了因为离子强度太低面采集不到的情况发生。安捷伦的叫法就是all ions采集模式、AB SEIX的叫SWATH采集模式,Waters的叫MSE。

设置方法大分部与DDA分析一样。在数据模式在选择，DIA模式，然后把对应的碰撞能，扫描范围信息导入。其他的与上面DDA数据分析一样。（MSE格式文本也可以关注公众号：如期生物，发送“MSDAL教程”获取）。

六、鉴定结果查看

如何用MS-DIAL查看搜库结果