蛋白组学搜库分析软件 MaxQuant使用教程

 MaxQuant是基于质谱(Ms)的蛋白质组学数据分析最常用的平台之一，目前认可度相对较高，可针对多种质谱数据。拥有自己的肽段搜索引擎- Andromeda。对于碰撞诱导离解(CID)、高能碰撞离解(HCD)和电子转移离解(ETD)所产生的串联光谱可以很容易地用MaxQuant进行分析。针对每种方法，采用自定义的多级评分方案，对每种特定的碎片化技术的多肽鉴定进行优化。MaxQuant使用target-decoy搜索策略以估计和控制假阳性。

 

一.下载安装

官网：https://maxquant.net/

软件的下载需要用邮箱注册，并填写注册码。

依赖.NET Framework（基于.net框架编写，有些没安装的电脑需要安装） 和MSFileReader（识别质谱raw文件）。

解压后无需安装，点击MaxQuant.exe即可使用。

双击“MaxQuant.exe”打开MaxQuant应用程序

初始界面如图所示

二.软件使用(示例软件版本：MaxQuant_1.6.17.0）

1、在“原始数据”界面单击“Load”选择待分析的原始数据

原始数据load完后界面如下图所示：

2、设置原始数据分组信息

      对于label free相对定量实验，要单击“set experiment”对每个文件进行设置，使软件能够正确分辨不同实验组和组内技术重复。如下图所示，为2