gpu-DBSCAN

最新推荐文章于 2024-12-27 09:43:14 发布
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分类专栏： 机器学习-不加深度学习
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本文链接：https://blog.csdn.net/baidu_40840693/article/details/103518910
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https://pypi.org/project/cuml/

sudo apt install libopenblas-base libomp-dev

# cuda 9.2
pip install cuml-cuda92

# cuda 10.0
pip install cuml-cuda100

import cudf
from cuml import DBSCAN

# Create and populate a GPU DataFrame
gdf_float = cudf.DataFrame()
gdf_float['0'] = [1.0, 2.0, 5.0]
gdf_float['1'] = [4.0, 2.0, 1.0]
gdf_float['2'] = [4.0, 2.0, 1.0]

# Setup and fit clusters
dbscan_float = DBSCAN(eps=1.0, min_samples=1)
dbscan_float.fit(gdf_float)

print(dbscan_float.labels_)

 

 

https://pypi.org/project/ImageAlgoKD/

# if want to use opencl backend
pip install pyopencl
# if want to use CUDA backend
pip install pycuda

pip install ImageAlgoKD

from ImageAlgoKD import *
#Declare an instance of ImageAlgoKD with your algorithm parameters. Then give it the input data points.

ia = ImageAlgoKD(MAXDISTANCE=20, KERNEL_R=1.0)
ia.setInputsPoints(Points(np.genfromtxt("../data/basic.csv",delimiter=',')))
#Then run the clustering over input data points.

ia.run("numpy")
# ia.run("opencl") or ia.run("cuda") if want run in parallel
#In the end, the clustering result can be access by
ia.points.clusterID

 

 

https://github.com/a0165897/dbscan-cuda

https://github.com/Labmem009/DBSCAN_CUDA

Design and optimization of DBSCAN Algorithm based on CUDA

https://github.com/Maghoumi/cudbscan

 

http://m.kokojia.com/article/39577.html

GPU 上带 Rapids 的 DBSCAN

现在，让我们用 Rapids 进行加速!

首先，我们将把数据转换为 pandas.DataFrame 并使用它创建一个 cudf.DataFrame。pandas.DataFrame 无缝转换成 cudf.DataFrame，数据格式无任何更改。

  1. import pandas as pd  
  2. import cudf  
  3. X_df = pd.DataFrame({'fea%d'%i: X[:, i] for i in range(X.shape[1])})  
  4. X_gpu = cudf.DataFrame.from_pandas(X_df) 

然后我们将从 cuML 导入并初始化一个特殊版本的 DBSCAN，它是 GPU 加速的版本。DBSCAN 的 cuML 版本的函数格式与 Scikit-Learn 的函数格式完全相同：相同的参数、相同的样式、相同的函数。

  1. from cuml import DBSCAN as cumlDBSCAN  
  2. db_gpu = cumlDBSCAN(eps=0.6, min_samples=2) 

最后，我们可以在测量运行时间的同时运行 GPU DBSCAN 的预测函数。

  1. %%time  
  2. y_db_gpu = db_gpu.fit_predict(X_gpu) 

GPU 版本的运行时间为 4.22 秒，几乎加速了 2 倍。由于我们使用的是相同的算法，因此结果图也与 CPU 版本完全相同。

https://www.jiqizhixin.com/graph/technologies/2285105b-9612-4c58-88c6-61b09dc8e54d?clicktime=1577911920&enterid=1577911920&from=timeline&isappinstalled=0

 

 

 

https://github.com/SubjectNoi/DBSCAN_CUDA

https://github.com/recke-a/immunodbscan 一个基于CUDA的程序，使用DBSCAN可以快速克隆B和T细胞免疫库

 

https://github.com/ghoulsblade/CudaDBClustering/tree/master/src

https://github.com/h2oai/h2o4gpu/issues/239

1、CUDA-DClust: http://www.dbs.ifi.lmu.de/Publikationen/Boehm/CIKM_09.pdf. It uses a collision matrix approach to name clusters. also has an index data structure on GPU that helps reduce computational complexity of eps-neighborhood detection.

2、G-DBSCAN: https://pdfs.semanticscholar.org/31df/abb8d1085ac468b60a83d32af2a558407c95.pdf. Simpler implementation. Generates a proximity graph out of the eps-neighborhood info and then performs BFS traversal to name the clusters. Thus exposing more parallelism than the previous approach.

https://cameleonx.com/blog/portfolio-items/g-dbscan-of-superpixels/

https://cameleonx.com/blog/portfolio-items

https://cameleonx.com/blog/

https://github.com/ca1773130n/SLIC-DBSCAN-CUDA

https://github.com/ca1773130n/SLIC-DBSCAN-CUDA/tree/9840066a02cc6403bd234f390946bb3c79e71166

#define CAM_WIDTH 480
#define CAM_HEIGHT 360
#define NUM_SPIXELS 1200

https://pypi.org/project/cuml/

http://github.strcpy.cn/rapidsai/cuml/issues/1238

 

https://towardsdatascience.com/heres-how-you-can-accelerate-your-data-science-on-gpu-4ecf99db3430

https://www.chainnews.com/articles/904054826642.htm

https://rapids.ai/community.html

https://devblogs.nvidia.com/gpu-accelerated-analytics-rapids/

 

https://ibmsoe.github.io/snap-ml-doc/v1.5.0/

https://ibmsoe.github.io/snap-ml-doc/dbscandoc.html

 

(K-DBSCAN) (V-DBSCAN)

https://github.com/plasavall/kdbscan_vdbscan

 

https://github.com/pmarcol/dbscan_tf

https://github.com/jklen/PytExamples

https://stackoverflow.com/questions/49934606/how-to-implement-dbscan-clustering-in-tensorflow

 

https://github.com/karthikv2k/gpu_dbscan

 

https://github.com/kwende/DBScanGPU

 

https://github.com/magicfisk/gpu-dbscan-toy

 

https://github.com/jrciii/cuda-gpu-dbscan

 

 

 

 

如何实现 DBSCAN 算法以及如何使用 CUDA 提高运算速度
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08-27 1024
作者：禅与计算机程序设计艺术 1.简介 DBSCAN (Density-Based Spatial Clustering of Applications with Noise) 是一种基于密度的空间聚类算法，它能够识别数据集中的密集区域（即含有相似特征的区域）。该方法可以自动地发现隐藏的模式、异常值、聚
DBSCAN算法 与 CUDA(Compute Unified Device Architecture)
AI天才研究院
08-31 628
DBSCAN (Density-Based Spatial Clustering of Applications with Noise) 是一种基于密度的空间聚类算法。该算法的核心是用指定邻域内的样本数量估计局部区域的密度，并根据指定的密度阈值将样本划分为不同簇。其优点是能够自动发现异常值、分类、聚类、降维等应用。确定扫描半径 epsilon：epsilon是一个指定的值，用于确定两个样本是否在同一个邻域中；
关于密度聚类的一种GPU加速算法
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09-16 1578
论文来源 ：《G-DBSCAN: A GPU Accelerated Algorithm for Density-based Clustering》 这篇论文提出了一种基于GPU的密度聚类算法，简称G-DBSCAN。在摘要中，作者说G-DBSCAN的速度比使用cpu的序列化DBSCAN要快100倍。 那G-DBSCAN具体是怎么实现的呢？请看下文。 在introduction部分，作者说这个算法的实现策略主要分为两步。 第一步是构图，每一个object当成图的一个节点，当两个节点之间的相似度（例如欧
DBSCAN-CUDA--图像分块密度聚类(未全部完成，代码能运行)
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03-15 557
#include "cuda_runtime.h" #include "device_functions.h" #include "cublas_v2.h" #include "device_launch_parameters.h" #include <iostream> #include <fstream> #include <cstdlib> #inclu...
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cuML是一套用于实现与其他RAPIDS项目共享兼容API的机器学习算法和数学原语函数。 cuML使数据科学家、研究人员和软件工程师能够在GPU上运行传统的表格ML任务，而无需深入了解CUDA编程的细节。 在大多数情况下，cuML的Python API与来自scikit-learn的API相匹配。 对于大型数据集，这些基于GPU的实现可以比其CPU等效完成10-50倍。 有关性能的详细信息，请参阅...
DBSCAN简介
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作者：姜小明 @github 日期：2020-06-28 关键字：Kdtreee, DBSCAN, PCL, 点云 DBSCAN算法适用于点云聚类，但是3d点云数据一般较大，朴素的DBSCAN算法处理起来效率很低。对此，可以通过使用Kdtree检索临近点，从而加速DBSCAN算法。 1. DBSCAN 在点云数据分析中，我们经常需要对点云数据进行分割，提取感兴趣的部分。聚类是点云分割中的一类方法（其他方法有模型拟合、区域增长、基于图的方法、深度学习方法等）。DBSCAN 是一种基于密度的聚类算法，具有抗
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其次，本项目通过Mseatlseab的可视化功能，将聚类结果以图形化的方式呈现出来，使得用户不仅能够通过算法得到聚类结果，还能直观地看到不同簇之间的关系，以及噪声点的分布情况，从而为后续的分析和决策提供更为清晰的数据支持。数据聚类作为数据挖掘中的一项重要技术，在这一过程中扮演着不可或缺的角色。首先，针对传统聚类算法在处理复杂数据时的局限性，TIMF-DBTCSEAN算法通过改进密度估计和区域扩展的方式，能够在不同密度和形状的数据中保持较高的准确性，尤其在处理噪声点和复杂数据结构时，表现优于传统算法。
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11-21 274
对于点云下采样以后，成为了稀疏点云，对于稀疏点云聚类，只要下采样控制的间距不大于聚类半径应该就能分类，十分内变得简便，但是下采样增大聚类结果反而不好。对初始点云降噪 => 消除噪点，使聚类结果准确 => 下采样，降低聚类计算负担 => 再次消除由于下采样造成的噪点 => 聚类 => 包围盒。对于点云降噪以后，聚类采用的是密度聚类，原则上每类之间的距离变得清晰，可以放大适当放大聚类半径，但结果出现错误。
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注：调用该算法时，需要将SetOfPoints设为全局变量并在用到该变量时需要显式的声明。 % 算法描述 % 基于密度的聚类算法 % 参数 % Eps: 一个阈值,表示以某个样本点为圆心所形成的圆的半径 % MinPts: 一个阈值,表示以某个样本点为圆心以Eps为半径所形成的圆内至少要包含的点的数目 % 返回值 % void % 注示： % -1 表示未分类标号 % 0
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cuML：GPU加速的机器学习库 cumlcuML - RAPIDS Machine Learning Library项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/cu/cuml 项目介绍 cuML是RAPIDS套件中的一员，旨在实现机器学习算法及数学基础原语函数，其设计与其它RAPIDS项目兼容API。该库特别适合数据科学家、研究人员和软件工程师，无需深入CUDA编程...
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DBSCAN(Density-Based Spatial Clustering of Applications with Noise)是一个比较有代表性的基于密度的聚类算法。与划分和层次聚类方法不同，它将簇定义为密度相连的点的最大集合，能够把具有足够高密度的区域划分为簇，并可在噪声的空间数据库中发现任意形状的聚类。什么是基于密度的聚类算法？直白翻译就是带有噪声应用的基于密度的空间聚类。
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机器学习库支持多种类型的输入数据格式，同时尝试以最适合用户工作流的输出格式返回结果。RAPIDS 团队为 cuML 添加了支持不同类型用户的功能：图 1 ：一个优化的 cuML 工作流示例。
CUDA使用介绍
weixin_45477628的博客
05-07 5696
CUDA Toolkit下载链接CUDA Toolkit包含了CUDA驱动和工具,CUDA驱动与NVIDIA驱动并不是一个东西，CUDA驱动接入NVIDIA驱动提供的接口访问GPU，同时接入程序，将运行结果输出。NVIDIA驱动接入GPU，对外提供能够访问GPU的接口。
cuML实现的DBSCAN算法如何利用GPU进行性能提升，并与scikit-learn中的DBSCAN有何不同？
10-26
参考资源链接：[GPU加速机器学习：cuML库详解](https://wenku.csdn.net/doc/7fq59xkh3q?utm_source=wenku_answer2doc_content) cuML实现的DBSCAN算法通过GPU并行处理能力显著提升了性能。首先，我们需要了解DBSCAN算法，它是一种基于密度的空间聚类算法，用于发现数据中的密集区域。在传统的CPU实现中，DBSCAN的时间复杂度较高，特别是在处理大型数据集时，其计算成本可能变得不可接受。cuML利用GPU的并行计算特性，能够同时处理成千上万的数据点，从而显著加快了计算速度。 相较于scikit-learn中的DBSCAN实现，cuML版本的DBSCAN算法具有以下几个优势： - **并行处理能力**：cuML能够充分利用GPU的多核心并行处理优势，而scikit-learn是基于CPU的单核心处理，这导致cuML在执行大规模数据集的DBSCAN聚类时速度更快。 - **内存效率**：在GPU上运行DBSCAN算法时，由于其内存访问模式更加优化，cuML能够更好地利用GPU的内存带宽，减少了内存的重复访问和等待时间。 - **扩展性**：cuML的DBSCAN算法扩展性更好，可以处理比CPU版本更大的数据集。 当使用cuML进行DBSCAN聚类时，需要注意的是，它依赖于RAPIDS提供的cuDF库来管理数据，这需要数据先被转换成cuDF DataFrame格式。此外，cuML的DBSCAN参数与scikit-learn略有不同，其中主要包括了最小点数(min_samples)、邻域半径(eps)以及距离度量方式等。 为了更深入地了解cuML中的DBSCAN算法以及与scikit-learn的对比，建议查阅《GPU加速机器学习：cuML库详解》。这本书详细介绍了cuML的安装、配置、算法支持以及性能基准测试，通过实例讲解了如何将机器学习工作负载迁移到GPU上，并充分利用cuML的高性能特性，这对于想要深入挖掘cuML潜力的读者来说是极好的学习资源。 参考资源链接：[GPU加速机器学习：cuML库详解](https://wenku.csdn.net/doc/7fq59xkh3q?utm_source=wenku_answer2doc_content)
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