在线工具（一）批量获取碱基序列

原创：hxj7

假设你记录了许多染色体区间（比如你有一个bed文件），你想知道每个区间对应的碱基序列是什么。如果你手头上有全基因组的序列并且你会编程的话，那么你写一个脚本就可以很快地完成任务。要是你没有全基因组序列或者不会编程呢？

今天介绍一个利用UCSC Table Browser来批量获取碱基序列的方法。

首先进入UCSC Table Browser的界面，网址是
https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables

选择“manage custom tracks”

点击“add custom tracks”

按照“chr <begin_position> <end_position>”的格式将需要查询的coordinate位置输入进去，点击“submit”。注意，这种方法中，begin_position是从0开始计数的，也就是说，如果begin_position输入的值是12023593，那么它实际上代表染色