pyscenic转录因子预测-强势来袭

于 2024-04-21 10:21:43 发布
阅读量345 收藏 1
点赞数 9
分类专栏： 工具使用 文章标签： 人工智能 数据挖掘 深度学习 机器学习 python 云计算
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/bioInfo_seeker/article/details/138026209
版权

之前有粉丝反馈R版本的scenic工具运行太慢了，在通过一段时间的测试，终于python版本scenic工具与大家见面了，话不多说，直接上工具。

工具链接：pyscenic转录因子预测 - 生信豆芽菜 - 专门做分析的生信平台.

直接之前完成亚群注释的单细胞任务队列，默认有两个，一个是seurat_cluster(聚类的结果)，一个是cell_type（亚群注释后的结果），选择tsne/umap降维的方法进行后续的可视化。

该工具相比较之前R版本的快了很多，默认是选择findmark筛选各个亚群的marker基因，然后运行pyscenic，并进行可视化。具体的分析时间需要看细胞数据！！！

bioInfo_seeker
关注
专栏目录
水稻转录因子WRKY-P1对磷素积累的影响
02-17
研究者通过克隆技术从水稻中鉴定出一个在转录水平响应缺磷信号的WRKY转录因子OsWRKY-P1。利用转基因技术和RT-qPCR技术，研究了OsWRKY-P1在植物体内的亚细胞定位、过量表达转基因植株的生理参数以及在缺磷胁迫下诱导...
转录因子AP-2α与TES蛋白相互作用分析 (2008年)
05-24
为研究转录因子AP-2α与TES蛋白的相互作用机制，分别构建AP-2α与GST的融合蛋白原核表达载体及TES与His的融合蛋白原核表达载体，在大肠杆菌E. coli BL 21中诱导表达，表达产物经纯化后用GST Pull-down及免疫印迹技术...
复现Cell图表：pyscenic分析之转录因子二项值热图
qq_42090739的博客
08-10 717
今天我们复现一篇cell子刊的图表，这篇文章有一副关于转录因子的图表，观察这个图有什么特点呢？第一是热图是二项值热图，只有0，1两个值，我们知道，在R语言版本的SCENIC分析中，最后可以得到二项值热图，那么pyscenic的分析结果中也是可以进行二项值分析并做热图的。第二是热图左侧注释有auc值的注释，热图是按照分组split的，而且两组的celltype分布是对称的。第三则是左侧行名的展示。我们的复现结果如下，因为数据是随意挑选的，所以结果看上去没有原图那么明显，但是所有的元素我们都完成了。
pyscenic 运行实例实战 jimmy服务器 pyscenic原理解析 如果报错就去github搜索办法自己的样本转录因子分析
生信小博士的博客
05-24 1641
step2在Linux命令行中，不需要进入python软件内环境。
pySCENIC单细胞转录因子分析更新(2)：python版分析及可视化
qq_42090739的博客
06-13 1398
最近公众号小伙伴好像扎堆做单细胞转录因子富集分析，这里还是建议使用服务器，因为自己电脑可能跑起来比较费劲。我们也在上一篇内容里面对分析进行了更新，我们提供的方法都在liunux终端的conda环境中运行。我们是在R语言里面提取的seurat单细胞的矩阵去python中分析，所以最后可视化的时候需要将R里面的文件转化为python可读可操作的对象。我们封装了两个函数，第一个是R里面数据提取seurat_to_adata.R，第二个是python中数据构建函数seurat_to_adata.py。
单细胞 | pySCENIC·转录因子分析（一）
生信练习生
12-07 1801
SCENIC (Single-Cell rRegulatory Network Inference and Clustering）是一种能够从单细胞 RNA-seq 数据（SCENIC）或单细胞 RNA-seq+单细胞 ATAC-seq 的组合（SCENIC+, 今年新发的Nature Methods, 2023, 20, 1355–1367）中同时进行转录因子推断、基因调控网络重建的方法。3.制作一个trans.py，主要目的是把提取的表达矩阵转成loom文件，python trans.py运行。
PySCENIC（三）：pyscenic单细胞转录因子分析可视化
qq_42090739的博客
11-08 5558
我们也可以提取数据，用热图的方式呈现，这里我是用ggheatmap做的，也可以用pheatmap、complexheatmap或ggplot2做。RSS分析，查看细胞类型特异性转录因子，需要先加载seurat对象，提取metadata信息，并进行分析！上面我们展示的是转录因子在不同细胞的评分，按照这个道理，我们依然可以选定某种细胞，看样本间转录因子的差别！当然了，全部展示没有啥意义，还是可以提取数据，可视化需要的TF！更多精彩内容请至我的公众号---KS科研分享与服务。先加载需要的R包，都加载了，没毛病。
pySCENIC单细胞转录因子分析更新：数据库、软件更新
qq_42090739的博客
06-13 1941
**pySCENIC全部往期精彩系列首先说一句，我们之前也发过R语言版本的SCENIC，但是后来我们感觉容易出错，而且费时，所以就没有再探究过。可是总是有小伙伴喜欢跑R，然后说这里错了，那里找不见，其实我们的帖子写于2022年，但是数据库已经更新了，去官网下载新的数据库，不能无脑跑代码。回到pySCENIC,之前我们写过整个系列4篇帖子，分析可视化都是很完善了。可是近期跑的时候发现在第一步有点问题，要么跑不动，要么出错，怀疑是软件和数据库没有更新的缘故，故而更新一下测试。这个帖子主要有两部分内容。
TOBIAS:通过研究ATAC-seq信号预测转录因子的占有率
05-04
TOBIAS-通过研究ATAC-seq信号预测转录因子的占有率 介绍 ATAC-seq（使用高通量测序进行转座酶可及性染色质测定）是用于研究全基因组染色质可及性的测序测定法。 该测定法应用Tn5转座酶将测序接头插入可利用的染色质...
SCENICprotocol:可扩展的SCENIC工作流程，用于单细胞基因调控网络分析
05-02
可扩展的SCENIC工作流程，用于单细胞基因调控网络分析 该存储库描述了如何对单细胞数据运行pySCENIC基因调控网络推断分析以及基本的“最佳实践”表达分析。 这包括： 独立的Jupyter笔记本电脑，用于交互式分析 Nextflow DSL1工作流程，它提供了一种半自动化且简化的方法来运行这些步骤 pySCENIC安装，使用和下游分析的详细信息 另请参阅《自然规约》中的相关出版物： : 。 有关此协议中步骤的高级实现，请参阅 ，这是pySCENIC的Nextflow DSL2实现，具有用于表达式分析的全面且可自定义的管道。 这包括其他pySCENIC功能（多次运行，集成的基于主题和基于轨迹的regulon修剪，织机文件生成）。 概述 实例探究 PBMC 10k数据集（10x基因组学） 完整的SCENIC分析，以及过滤，群集，可视化和SCope就绪的织机文件创建： | SCEN
PyPI 官网下载 | pyscenic-0.11.1-py3-none-any.whl
02-05
资源来自pypi官网，解压后可用。 资源全名：pyscenic-0.11.1-py3-none-any.whl
SCENIC:SCENIC是一种R软件包，可从单细胞RNA序列数据推断基因调控网络和细胞类型
05-03
风景 SCENIC（单细胞重组网络推断和聚类）是一种从单细胞RNA序列数据推断基因调控网络和细胞类型的计算方法。 该方法的描述和一些使用示例可在《。 当前在R（此存储库）和Python中有SCENIC的实现。 如果您不太喜欢使用R，我们建议您检查一下SCENIC（其中包含Nextflow工作流程）和Python / Jupyter笔记本，以轻松运行SCENIC （强烈建议您批量运行SCENIC或更大的数据集）。 然后，可以在R，Python或SCope（Web界面）中浏览任何实现的输出。 有关在R运行SCENIC的更多详细信息和安装说明，请参阅以下教程： 这些示例的输出位于： : 常见问题： 消息 2021/03/26： 新教程可 教程 2020/06/26： 该SCENICprotocol包括Nextflow工作流程，并pySCENIC笔记本现在正式发布。 有关详细信息
PySCENIC（一）：python版单细胞转录组转录因子分析
qq_42090739的博客
09-23 8404
​ 关于单细胞转录组转录因子的分析我们之前在单细胞系列讲过R语言版本的，参考：跟着Cell学单细胞转录组分析(十二):转录组因子分析，但是R语言分析起来速度非常慢，如果你动辄上万的单细胞可能要运行好几周，这显然不现实。pySCENIC则很好的解决了这个问题，分析速度很快。
PySCENIC（四）个性化分析：pyscenic结果之差异转录因子分析及其他可视化
qq_42090739的博客
11-08 3115
pyscenic的分析和可视化总算是结束了。其实还有python版本的可视化，但是已经不想研究了，和R差不多，主要是对结果的解读。3、差异TF的分析，这也许是今天这个帖子的重点内容吧，可以像转录组那样，或者GSVA，寻找不同组织间差异性TF，结果更有说服力！1、rank形式的转录因子展示，有些文章中是这样，特异性TF展示更直观。更多精彩内容请至我的公众号---KS科研分享与服务。2、利用我们之前说过的网络图展示TF与靶基因！
【记录向】经验分享：Pyscenic软件不兼容报错解决方法
最新发布
qq_50464714的博客
02-19 774
2024/2/19 转录因子分析软件Pyscenic常用于分析单个细胞群受到的转录因子调控，目前版本为0.12.1，在使用Pyscenic 进行分析的时候报错：AttributeError: module 'numpy' has no attribute 'object'.为numpy软件不兼容所致。综合GITHUB上的解决方案，依旧存在问题。按照上述软件安装即可。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值