如何绘制一个好看的KEGG层级图

于 2024-04-17 13:33:49 发布
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工具链接网址：KEGG富集的层级图

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首先复制富集分析的数据黏贴到表格中

第一列为ID的编号，第二列为该通路中基因数量，第三列为差异基因富集到该通路的数量，第四列为通路的名称，第五列为分组的名字

前四列其实都很好理解，为什么会有第五列，如果你只有一个分组，可以只写一个名字，这里默认是针对A和B组做差异分析，A组的上调基因和B组的上调基因进行富集分析，得到的结果

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选择分组的颜色，网站提供了多种颜色方案，也可以点击设置，去设置自己喜欢的颜色方案，然后选择图片的宽度和高度。

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该图可以清晰的看出KEGG富集的通路的二级和一级分类，这样的层级图是你想要的吗？想要可以去试试KEGG富集的层级图！

bioInfo_seeker
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KEGG注释：KEGG富集可视化柱状图
qq_42090739的博客
06-13 4655
用到的数据就是分析完成的KEGG富集通路，关键的两列一个是KEGG同类名称，一列是counts，当然这个counts也可以选择展示怕值。我们知道GO分为BP、MF、CC三个，但是在BP中能不能继续注释，我是没有看到官方的文件，但是需要自己注释和作图可以参考我们这个帖子。需要的文件一个是我们分析的富集通路文件，另外一个就是KEGG注释分类，这个文件在KEGG官网可以整理，当然了，网上也有别的形式的注释，这里不再演示，大概样子就是在柱状图y轴添加了分类的名称，有了注释文件就可以构造了。
KEGG通路图绘制
最新发布
BioinfoDu
10-22 567
今天在GitHub中看到一个ggpathway的包，主要可以制作通路网络图，或是进一步优化的话，可以进行个性话制作。操作步骤在GitHub中已经很详细。自己也照葫芦画瓢进行运行一下。GitHub网址：https://github.com/cxli233/ggpathway原文可了解。
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微生信
12-26 7854
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作业：KEGG可视化-绘图
fleame的专栏
12-29 1万+
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【单细胞高级绘图】10.KEGG富集结果的圆圈图
TOP生物信息
09-12 2720
本次教程的figure仍然是读者求助的图，算得上是kegg富集图的新流派。据我的调查，该图应该是基迪奥云平台首创(https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/enrich_circle)，之后公众号小白鱼的生统笔记进行了复现(仿一个网图，使用circlize包绘制圈图可视化基因集富集分析结果)。 最开始也是跟着上述的帖子学习，之后自己对代码进行了改写，重新安排图形的布局，使之（在我看来）更有意义。另一个改动是增加了kegg pathway的注释信息，我在之前的帖子中
KEGG通路图绘制 | ggpathway包
BioinfoDu
10-22 683
主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!今天在GitHub中看到一个ggpathway的包，主要可以制作通路网络图，或是进一步优化的话，可以进行个性话制作。GitHub网址：https://github.com/cxli233/ggpathway。操作步骤在GitHub中已经很详细。
HTML5层级关系架构图代码
06-24
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08-28
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总的来说，"多层级图片幻灯片JS特效代码"是网页设计中的一个重要组成部分，它结合了HTML、CSS和JavaScript的知识，为用户提供了一种动态且富有层次的图片展示方式。通过对这一技术的学习和实践，开发者可以提升网页...
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手把手教你看KEGG通路图！ 亲爱的小伙伴们，是不是正关注代谢通路研究？或者你正面对数据，绞尽脑汁？小编当然不能让亲们这么辛苦，今天就跟大家分享KEGG代谢通路图的正确解读方法，还在迷糊中的小伙伴赶紧mark起来吧~ 怎么看KEGG中代谢通路图? KEGG，Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因和基因组百科全书，是...
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go kegg_零基础小白如何自己做GO/KEGG分析
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12-30 2693
英文论文Turnitin查重，免费，客服微信号sywsw1或sywsw2(阿可)几乎现在的套路性文章在做完差异表达分析后，都会去做GO和KEGG富集分析。那么GO和KEGG都是什么？对于每个基因而言，其基本的功能基于他们的蛋白结构域以及研究的文献已经可以大致的知道一个基因具有什么样子的功能了。GO和KEGG就是基于不同的分类思想而储存的基因相关功能的数据库。GO数据库，全称是Gene O...
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写一个查询部门层级的sql
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要查询部门层级，你需要在部门表中有一个字段来表示部门的层级关系。假设你的部门表结构如下： ```sql CREATE TABLE departments ( id INT PRIMARY KEY, name VARCHAR(50), parent_id INT, -- other columns );...
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