免疫分析-免疫浸润

在生信分析中，免疫分析作为必不可少的一部分，基本上90%以上的文章都会使用到免疫分析，其中CIBERSORT,TIMER,ESTIMATE等等，使用尤多。

生信豆芽菜将分析和可视化进行分开，这里对8个免疫相关的分析进行总结。

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这8个分析工具，需要上传的都是一个基因表达谱矩阵，其中行为基因，列为样本，行名不要重复。如果重复，可以使用去重工具去重！！！！

在分析的过程中，我们会得到一个细胞丰度的比例，其实就是该样本与这个细胞的相似度，准备来说，就是这样样本中，关于这个细胞组成所占的比例有多少。

众所周知，RNA-seq数据其实测的一个组织内所有mRNA的read count数，是一堆细胞，而不是单个细胞，这一堆细胞是很杂乱的，可能有组织细胞如上皮，内皮等等，可能有免疫细胞如T,B细胞等等。所以像多种算法计算免疫浸润工具就是使用cibsersort/mcpcount等多种算法预测的免疫细胞的细胞丰度，当然这里有的算法不仅仅是免疫细胞，也有一些组织细胞，如成纤维细胞等等。不同的算法，背景集不同，算法不同，得到的结果也会有一定的区别。

在免疫分析中需要注意其中四个工具

1、TIP预测免疫

该算法很费内存，主要是针对机体内免疫的7个步骤进行分析，上传数据后，需要注意的是，芯片的测序数据，不属于TPM/FPKM，这时候数据格式就会失效，只要选择测序类型为Microarray。而RNA-seq数据，分两种TPM/FPKM和count。count数据一定都是整数，整数，整数！！！提交后就是等待，该工具运行比较慢，需要耐心等待，提交成功后，就可以关闭网页，等到有时间的时候再进去看看即可。

2、ESTIMATE预测免疫评分

ESTIMATE是专门用来评估样本中免疫浸润的高低，它是一个总体的免疫水平，而不是一个单纯某一个细胞丰度，在预测的过程中，需要注意的是，我们要选择测序的类型，其中illumina为RNA-seq测序数据，而affymetrix为芯片测序数据！！！！

3、TIDE分析

TIDE分析是目前使用比较的工具之一，该工具主要是预测免疫应答的状态，默认数据一定要做scale分析才可以，如果提前做过，就可以选择no，否则都要选择yes。cancer_type是选择以哪些免疫治疗治疗的数据集为背景进行分析，如果想得到免疫治疗响应与否的结果，可以选择Previous immnuntherapy中的yes。在分析结果中，有一个非常重要的指标，就是TIDE评分，需要注意的是TIDE评分越高，免疫逃逸的可能性越高，在免疫治疗中获益的可能性就越小。

4、TMEscore预测免疫浸润程度

TMEscore和ESTIMATE是比较像的，会得到一个免疫的评分，用这个评分来衡量免疫浸润的情况

预测毕竟只是预测，这里只是简单介绍一下分析的工具，分析做完，接下来应该是可视化，我们将这部分内容进行重组，并设置同级目录用于区分可视化，这部分的内容目前正在完善中

目前准备可视化图丰度占比，雷达图，热图，柱状图 等等：

当然如果在文章中看到一些比较好看的图，用于展示免疫分析的结果，可以留言于豆芽论坛，我们会逐步完善可视化的内容。

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