Gromacs 中文手册目录

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#翻译英文手册目录
20190423

引言 1

谢辞 2

译宣言 3-4

译后计 5

第一章 简介 6

• 1.1 计算化学与分子建模 6

• 1.2 分子动力学模拟 7-9

  1.3 能力最小化和搜索方法 9-10

第二章 定义与单位 11

• 2.1 符号标记 11

• 2.2 MD单位 11-13

  2.3 约化单位 13

第三章 算法 14

• 3.1 简介14

• 3.2 周期性边界条件14-15

  3.2.1 一些有用的盒子类型16

  3.2.2 截断限制 16

  3.3 组的概念 16-17

  3.4 分子动力学 17-19

  3.4.1 初始条件 19-20

  3.4.2 近邻搜索 20-25

  3.4.3 计算力 25-26

  3.4.4 蛙跳式积分方法 26

  3.4.5 速度verlet积分方法 26-27

  3.4.6 理解可逆的积分方法：Trotter分解 27-29

  3.4.7 双程截断 29-30

  3.4.8 温度耦合 30-33

  3.4.9 压力耦合 33-38

  3.4.10 完整的更新算法 38-39

  3.4.11 输出步 39

  3.5 壳层分子动力学 39

  3.5.1 优化壳层位置 40

  3.6 约束算法 40

  3.6.1 SHAKE 40-41

  3.6.2 LINCS 41-43

  3.7 模拟退火 43

  3.8 随机动力学 43-44

  3.9 Brown动力学 44-45

  3.10 能量最小化 45

  3.10.1 最速下降 45

  3.10.2 共轭梯度 45

  3.10.3 L-BFGSD 45

  3.11 简正模式分析 46

  3.12 自由能计算 46

  3.12.1 慢增长方法 46-48

  3.12.2 热力学积分 48

  3.13 副本交换动力学 48-49

  3.14 主成分动力学抽样 49

  3.15 扩展系综动力学 49-50

  3.16 并行 50

  3.17区域分解 50

  3.17.1 通讯坐标和力 50-51

  3.17.2 动态负载均衡 51-52

  3.17.3 并行中的约束 52-53

  3.17.4 相互作用范围 53-54

  3.17.5 多程序多数据PME并行 54-55

  3.17.6 区域分解流程图 55-56

  3.18 隐式溶剂模型 56-57

第四章 相互作用函数和力场 58

• 4.1 非键相互作用 58-59

  4.1.1 Lennard-Jones相互作用 59-60

  4.1.2 Buckingham势 60-61

  4.1.3 库伦相互作用 61-62

  4.1.4 反应场库伦作用 62

  4.1.5 修正的非键相互作用 62-64

  4.1.6 修正的Ewald求和短程相互作用 64-65

  4.2 键合相互作用 65

  4.2.1 键伸缩 65-66

  4.2.2 Morse势键伸缩 66-67

  4.2.3 立方键伸缩势 67

  4.2.4 FENE键伸缩势 67-68

  4.2.5 简谐角势 68

  4.2.6 余弦键角势 68-69

  4.2.7 受限弯曲势 69-70

  4.2.8 Urey-Bradley势 70

  4.2.9 键键交叉项 70

  4.2.10 键-角交叉项 70

  4.2.11 四次键角势 70-71

  4.2.12 异常二面角 71-72

  4.2.13 正常二面角 72-76

  4.2.14 表格式键合相互作用 76-77

  4.3 限制 77

  4.3.1 位置限制 77-78

  4.3.2 平底位置限制势 78-79

  4.3.3 角限制 79

  4.3.4 二面角限制 79-80

  4.3.5 距离限制 80-83

  4.3.6 取向限制 83-86

  4.4 极化 86

  4.4.1 简单极化 86

  4.4.2 水极化 86

  4.4.3 Thole极化 86

  4.5 自由能相互作用 86-89

  4.5.1 软核相互作用 89-90

  4.6 方法 90

  4.6.1 排除和1-4相互作用 90-91

  4.6.2 电荷组 91

  4.6.3 组方案中截断的处理 91-92

  4.7 虚拟相互作用位点 92-96

  4.8 长程静电作用 96

  4.8.1 Ewald加和 96-97

  4.8.2 PME 97

  4.8.3 P3M-AD 97-98

  4.8.4 优化傅里叶变换和PME计算 98

  4.9 长程范德华相互作用 98

  4.9.1 色散校正 98-100

  4.9.2 Lennard-Jones PME 100-102

  4.10 力场 102

  4.10.1 GROMOS-96 102-103

  4.10.2 OPLS/AA 103

  4.10.3 AMBER 103

  4.10.4 CHARMM 103-104

  4.10.5 粗粒化力场 104

  4.10.6 MARTINI 104

  4.10.7 PLUM 104

第五章 拓扑文件 105

• 5.1 简介 105

  5.2 粒子类型 105

  5.2.1 原子类型 105-106

  5.2.2 虚拟位点 106-107

  5.3 参数文件 107

  5.3.1 原子 107

  5.3.2 非键参数 107-109

  5.3.3 键参数 109

  5.3.4 分子内的对相互作用 109-110

  5.3.5 隐式溶剂化模型 110-111

  5.4排除 111

  5.5约束算法 111

  5.6 pdb2gmx输入文件 112

  5.6.1 残基数据库 112-114

  5.6.2 残基构建单元数据库 114

  5.6.3 原子重命名数据库 114-115

  5.6.4 氢数据库 115-116

  5.6.5 末端数据库 116-118

  5.6.6 虚拟位点数据库 118

  5.6.7 特殊键 118-119

  5.7 文件格式 119

  5.7.1 拓扑文件 119-126

  5.7.2 Molecule.itp文件 126-127

  5.7.3 ifdef语句 127-128

  5.7.4 用于自由能计算的拓扑文件 128-130

  5.7.5 约束力 130

  5.7.6 坐标文件 130-131

  5.8力场的组织 131

  5.8.1 力场文件 131-132

  5.8.2 改变力场参数 132

  5.8.3 添加原子类型 132

第六章 专题 133

• 6.1 自由能计算的实现 133-134

  6.2 平均力势 134

  6.3 非均衡牵引 135

  6.4 牵引代码 135-138

  6.5 强制旋转 138

  6.5.1 固定轴旋转 138-143

  6.5.2 柔性轴旋转 143-146

  6.5.3 用法 146-148

  6.6 计算电生理学148-149

  6.6.1 使用150-151

  6.7 使用自由能代码计算PMF 151

  6.8 移除最快的自由度 151-152

  6.8.1 氢原子的键-键角振动 152-153

  6.8.2 芳香基团的面外振动 153

  6.9 粘度计算 154-155

  6.10 表格相互作用函数 155

  6.10.1 势能三次样条插值 155-156

  6.10.2 用户自定义势能函数 156-157

  6.11 混合量子经典模拟技术 157

  6.11.1 概述 157-158

  6.11.2 使用方法 158-160

  6.11.3 输出 160

  6.11.4 未来发展 160

  6.12 自适应分辨率方案 160-163

  6.12.1 例：水的自适应分辨率模拟 163-165

  6.13 VMD插件用于轨迹文件输入/输出 165

  6.14 交互式分子动力学 165

  6.14.1 准备模拟输入 165

  6.14.2 启动模拟 165-166

  6.14.3 从VMD中连接 166

第七章 运行参数和程序 167

• 7.1 在线和HTML手册 167

  7.2 文件类型 167-168

  7.3 运行参数 168

  7.3.1 通用参数 168

  7.3.2 预处理 168-169

  7.3.3 运行控制 169-171

  7.3.4 Langevin动力学 171

  7.3.5 能量最小化 171

  7.3.6 壳层分子动力学 171-172

  7.3.7 测试粒子插入 172

  7.3.8 输出控制 172-173

  7.3.9 邻区搜索 173-175

  7.3.10 静电 175-177

  7.3.11 VdW 177-179

  7.3.12 表格 179

  7.3.13 Ewald 179-180

  7.3.14 温度耦合 180-181

  7.3.15 压力耦合 182-183

  7.3.16 模拟退火 183-184

  7.3.17 速度产生 184

  7.3.18 键约束 184-186

  7.3.19 能量组排除 186

  7.3.20 墙 186-187

  7.3.21 质心牵引 187-190

  7.3.22 NMR精修 190-191

  7.3.23 自由能计算 191-194

  7.3.24 扩展系综计算 194-198

  7.3.25 非平衡MD 198

  7.3.26 电场 198-200

  7.3.27 隐式溶剂 200-201

  7.3.28 自适应分辨率模拟 201-203

  7.3.29 用户自定义项 203

第八章 分析 204

• 8.1 使用组 204-205

  8.1.1 默认值 205-206

  8.1.2 选择 206-207

  8.2 查看你的轨迹 207

  8.3 通用性质 207-208

  8.4 径向分布函数 208-210

  8.5 相关函数 210

  8.5.1 相关函数的理论 210-211

  8.5.2 使用FFT计算SCF 211

  8.5.3 ACF的特殊形式 211-212

  8.5.4 ACF的一些应用 212

  8.6 均方位移 212-213

  8.7 键/距离，键角和二面角 213-215

  8.8 回旋半径于距离 215-216

  8.9 结构的根均方偏差 216

  8.10 协方差分析 216-218

  8.11 二面角主成分分析 218

  8.12 氢键 218-220

  8.13 与蛋白质相关的项 220-223

  8.14 与界面相关的项 223-224

附录A 技术细节 225

• A.1 混合精度或双精度 225

• A.2 环境变量 225-230

• A.3 并行运行GROMACS 230

• A.4使用GPU运行GROMACS 230-231

附录B 一些实现细节 232

• B.1 GROMACS中的单个和维里 232
• B.1.1 维里 232 B.1.2 非键力的维里 232-233
• B.1.3分子内移位（mol-shift） 233-234
• B.1.4 共价键的维里 234
• B.1.5 SHAKE的维里 234-235
• B.2优化 235
• B.2.1 水的内部循环 235
• B.2.2 Fortran代码 235
• B.3 1.0/sqrt函数的计算 235
  B.3.1 简介 235-236
  B.3.2 通用 236-237
  B.3.3 用于浮点数 237
  B.3.4 备查表格的要求
  237-238
  B.3.5 指数和分数的独立计算 238-240
  B.3.6 实现 240

附录C 平均值与涨落 241

• C.1 平均值计算公式 241-242
• C.2 实现 242
• C.2.1 部分模拟 242-243
• C.2.2 组合两次模拟243-244
• C.2.3 能量项加和 244-245

D GROMACS程序选项概述 246

E GROMACS各类程序（功能分类） 246

• E.1分析轨迹 246-247
• E.2创建拓扑与坐标文件 247
• E.3运行模拟 247
• E.4查看轨迹 247
• E.5处理能量 247
  E.6转换文件 247-248
  E.7各类工具 248
  E.8结构间的距离 248
  E.9结构中的距离随时间的变化 248
  E.10分布性质随时间的变化 248-249
  E.11分析键合相互作用 249
  E.12 结构性质 249
  E.13 动力学性质 249
  E.14 静电性质 249-250
  E.15 蛋白质分析 250
  E.16 界面 250
  E.17 协方差分析 250
  E.18 简正模式250

F GROMACS各类程序（名称排序） 251

• F.1 gmx anadock:根据Autodock运行计算团簇结构 251

• F.2 gmx anaeig:分析简正模式 251-254

• F.3 gmx analyze:分析数据集 254-257

• F.4 gmx angle:计算键角和二面角的分布及相关 257-259

• F.5 gmx bar:利用Bennett接收比率方法计算自由能差的估计值 259-260

• F.6 gmx bundle:分析轴束，例如螺旋 260-262

• F.7 gmx check:检查并比较文件 262-263

• F.8 gmx chi:计算chi和其他二面角的所有信息 263-266

• F.9 gmx cluster:对结构进行团簇分析 266-269

• F.10 gmx clustsize:计算原子团簇的尺寸分布 269-270

• F.11 gmx confrms:叠合两个结构并计算RMSD 270-271

• F.12 gmx convert-tpr:生成修改的运行输出文件 271-272

• F.13 gmx covar:计算并对角化协方差矩阵 272-273

• F.14 gmx current:计算介电常数和电流自相关函数 273-275

• F.15 gmx density:计算体系的密度 275-277

• F.16 gmx densmap:计算二维的平面或轴径向密度映射图 277-279

• F.17 gmx densorder:计算表面涨落 279-280

• F.18 gmx dielectric:计算频率相关的介电常数 280-281

• F.19 gmx dipoles:计算总偶极及其涨落 281-283

• F.20 gmx disre:分析距离限制 283-284

• F.21 gmx distance:计算两个位置之间的距离 284-286

• F.22 gmx do_dssp:指定二级结构并计算溶剂可及表面积 286-287

• F.23 gmx dos:分析态密度及相关性质 287-289

• F.24 gmx dump:生成人类可读的二进制文件 289

• F.25 gmx dyecoupl:从轨迹中抽取染料动力学 289-290

• F.26 gmx dyndom:结构旋转的内插和外推 290-291

• F.27 gmx editconf:编辑模拟盒子以及转换和操控结构文件 291-294

• F.28 gmx eneconv:转换能量文件 294-296

• F.29 gmx enemat:从能量文件中提取能量矩阵 296-297

• F.30 gmx energy:将能量写入xvg文件并显示平均值 297-301

• F.31 gmx filter:轨迹频率滤波，用于制作平滑的动画 301-302

• F.32 gmx freevolume:计算自由体积 302-303

• F.33 gmx gangle:计算角度 303-305

• F.34 gmx genconf:增加“随机”取向的构象 305-306

• F.35 gmx genion:在能量有利位置加入单原子离子 306-308

• F.36 gmx genrestr:生成索引组的位置限制或距离限制 308-309

• F.37 gmx grompp:生成运行输入文件 309-311

• F.38 gmx gyrate:计算蛋白质的回旋半径 311-312

• F.39 gmx h2order:计算水分子的取向 312-313

• F.40 gmx hbond:计算分析氢键 313-316

• F.41 gmx helix:计算α螺旋结构的基本性质 316-317

• F.42 gmx helixorient:计算螺旋内的局部螺距/弯曲/旋转/取向 317-318

• F.43 gmx help – 打印帮助信息 318

• F.44 gmx hydorder:计算给定原子周围的四面体参数 318-319

• F.45 gmx insert-molecules:将分子插入已有空位 319-321

• F.46 gmx lie:根据线性组合估计自由能 321

• F.47 gmx make_edi:生成主成分动力学抽样的输入文件 322-325

• F.48 gmx make_ndx:制作索引文件 325-329

• F.49 gmx mdmat:计算残基接触映射图 329-330

• F.50 gmx mdrun:执行模拟，简正分析或能量最小化 330-336

• F.51 gmx mindist:计算两组间的最小距离 336-338

• F.52 gmx mk_angndx:生成用于gmx angle的索引文件 338

• F.53 gmx morph:构象间的线性内插 338-339

• F.54 gmx msd:计算均方位移 339-341

• F.55 gmx nmeig:对角化简正模式分析的Hessian矩阵 341-342

• F.56 gmx nmens:根据简正模式生成结构系综 342-343

• F.57 gmx nmtraj:根据本征向量生成虚拟振荡轨迹 343-344

• F.58 gmx order:计算碳末端每个原子的序参量 344-345

• F.59 gmx pdb2gmx:将PDB坐标文件转换为拓扑文件和力场兼容的坐标文件 345-348

• F.60 gmx pme_error:根据给定的输入文件估计使用PME的误差 348

• F.61 gmx polystat:计算聚合物的静态性质 348-349

• F.62 gmx potential:计算盒子内的静电势 349-350

• F.63 gmx principal:计算一组原子的惯性主轴 350-351

• F.64 gmx protonate:结构质子化 351-352

• F.65 gmx rama:计算Ramachandran拉式构象图 352-353

• F.66 gmx rdf:计算径向分布函数 353-355

• F.67 gmx rms:计算与参考结构之间的RMSD及其矩阵 355-357

• F.68 gmx rmsdist:计算-2，-3或-6次平均的原子对距离 357-358

• F.69 gmx rmsf:计算原子涨落 358-359

• F.70 gmx rotacf:计算分子的转动相关函数 359-361

• F.71 gmx rotmat:计算叠合到参考结构的旋转矩阵 361-362

• F.72 gmx saltbr:计算盐桥 362

• F.73 gmx sans:计算小角中子散射谱 362-364

• F.74 gmx sasa:计算溶剂可及表面积 364-365

• F.75 gmx saxs:计算小角X射线散射谱 365-366

• F.76 gmx select:打印选区的通用信息 366-368

• F.77 gmx sham:根据直方图计算自由能或其他直方图 368-370

• F.78 gmx sigeps:将C6/12或C6/Cn组合转换为sigma/epsilon组合，或反过来 370-371

• F.79 gmx solvate:体系溶剂化 371-373

• F.80 gmx sorient:分析溶质周围的溶剂取向 373-374

• F.81 gmx spatial:计算空间分布函数 374-377

• F.82 gmx spol:分析溶质周围溶剂的偶极取向及极化 377

• F.83 gmx tcaf:计算液体的粘度 377-379

• F.84 gmx traj:输出轨迹文件中的坐标X，速度V，力f，盒子，温度和转动能 379-381

• F.85 gmx trjcat:连接轨迹文件 381-382

• F.86 gmx trjconv: 转换和操控轨迹文件 382-386

• F.87 gmx trjorder:根据到参考组原子的距离对分子排序 386-387

• F.88 gmx tune_pme:计算mdrun的运行时间与PME进程数的关系以优化设置 387-391

• F.89 gmx vanhove:计算Van Hove位移及相关函数 391-392

• F.90 gmx velacc:计算速度自相关函数 392-393

• F.91 gmx view:在X-Windows终端显示轨迹 393-394

• F.92 gmx wham:伞形抽样后进行加权直方分析 394-398

• F.93 gmx wheel:回执螺旋轮图 398-399

• F.94 gmx x2top:根据坐标生成原始拓扑文件 399-400

• F.95 gmx xpm2ps:将XPM(XPixeIMap)矩阵转换为postscript或XPM 400-402