使用Rosetta进行酶的从头设计

Rosetta作为蛋白质工具的全家桶，今天介绍一篇较早期的文献。

        Rosetta从头酶设计可以被用于设计各种化学反应的酶催化剂。原则上可以应用于任何感兴趣的任意化学反应，该过程有四个阶段：

1）选择一个催化机制和相应的最小模型活性位点。

2）在蛋白骨架中确定可以实现该最小活性部位的部位。

3）优化周围的残基，以稳定过渡态和主要催化残基的相互作用。

4）对所设计的序列进行评价和排序。

        这个过程的第二至第四阶段可以用Rosetta软件包来完成，而第一阶段需要在外部完成。

        酶通过稳定过渡态的相互作用加速反应。Rosetta 酶设计方案从尽量少的活性位点描述过渡态的模型开始，这些模型被游离侧链和主链官能团包围，这些官能团为了最佳的催化效应而被定位，即所谓的 theozymes。

Rosetta“匹配”算法用于识别其核心骨架在一套蛋白质支架中的位置，其可以实现最小的活性位点，进一步优化周围残基，尽可能的得到最佳的亲和力和催化作用。

酶设计方案流程图：

★根据不同阶段着色：

第一阶段：浅绿；第二阶段࿱