下载cosmic数据库以及转换为annovar可识别的格式

本文介绍了如何下载COSMIC肿瘤数据库并将其转换为Annovar可识别的格式,包括遇到的下载问题解决、数据预处理、数据库构建以及索引创建等步骤。
摘要由CSDN通过智能技术生成

COSMIC作为肿瘤常使用的数据库,和OMIM,HGMD遗传数据库一起,可以进行区分体细胞突变和胚系突变(来源于《高通量测序技术 李金明主编》第五章 数据库里的P146),所以这些数据库的本地化就很重要了。

1.下载COSMIC数据库,进入主页,点击data下的download,找到要下载的文件点击下载(直接下载失败,用脚本下载)。

2.脚本下载时按照网页上的步骤操作,由于设置密码时不知道后期会有这种要求,就在密码中加入了感叹号!,导致提示!:event not found,这时候把 echo "email@example.com:mycosmicpassword" | base64 的双引号换为单引号即可。使用curl下载时可以加入-output 。

下载国外数据用服务器下载,时不时的会断,

评论 4
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值