COSMIC作为肿瘤常使用的数据库,和OMIM,HGMD遗传数据库一起,可以进行区分体细胞突变和胚系突变(来源于《高通量测序技术 李金明主编》第五章 数据库里的P146),所以这些数据库的本地化就很重要了。
1.下载COSMIC数据库,进入主页,点击data下的download,找到要下载的文件点击下载(直接下载失败,用脚本下载)。
2.脚本下载时按照网页上的步骤操作,由于设置密码时不知道后期会有这种要求,就在密码中加入了感叹号!,导致提示!:event not found,这时候把 echo "email@example.com:mycosmicpassword" | base64 的双引号换为单引号即可。使用curl下载时可以加入-output 。
下载国外数据用服务器下载,时不时的会断,