融合基因数据库大全

欢迎关注”生信修炼手册”!

在进行融合基因的分析时，我们会想要知道哪些融合基因是别人已经发现并证实过的，对应的疾病等信息，借助已有的融合基因的数据库可以实现，常用的数据库有以下几个

1. TICdb

TICdb数据库中收录了肿瘤相关的融合基因信息，网址如下

http://www.unav.es/genetica/TICdb/

该数据库中的每个融合基因都是有文献支持的，会给出对应的pubmed编号。

2. TCGA  tumor fusion

TCGA数据库收录了很多肿瘤相关的测序数据和分析结果，通过PRADA这款软件对TCGA中肿瘤的RNA-seq数据进行分析, 过滤和整理，就得到了一个可行度较高的融合基因列表，网址如下

http://www.tumorfusions.org/

由于是利用肿瘤样本进行的分析，所以每个融合基因都提供了对应的肿瘤信息。

3. COSMIC Fusion

在COSMIC数据库中，提供了一个人工整理的，有文献支持的融合基因列表，网址如下

https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/fusion

对于每个融合基因，都会给出对应的文献和相关的组织类型，示意如下

4. ChimerDB

ChimerDB是一个综合性的融合基因数据库，即收录了有文献支持的融合基因，也包括了软件预测的融合基因，网址如下

http://203.255.191.229:8080/chimerdbv31/mindex.cdb

该数据库分成了3个子数据库，CHimerKB中包含的是来源于其他数据库，有文献证据支持的融合基因；ChimerPub是利用机器学习的算法从文章中检索预测的融合基因;ChimerSeq是利用TCGA的RNA-seq数据，用软件预测到的融合基因，示意如下

在现阶段的研究中，融合基因通常是作为疾病的特异性标记。该数据库免费下载，而且提供融合基因对应的疾病信息的注释。

·end·

—如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—

扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！