ANNOVAR安装及非人类注释

##一、ANNOVAR只能通过邮件获取，邮箱需要非.com结尾的邮箱。
##1.将安装包压缩文件传至服务器。
##2.运行tar zxvf annovar.latest.tar.gz进行解压缩。
##3.运行cd path/annovar/进入annovar文件夹
##4.运行mkdir soyebandb新建文件夹

##二、安装gffread ##安装gtfToGenePred
##安装在path/Amelia/所以运行代码也在这个文件夹

安装完成后
##1.运行gffread Gmax_275_Wm82.a2.v1.gene.gff3 -T -o Gmax_275_Wm82.a2.v1.gene.gtf将Gmax_275_Wm82.a2.v1.gene.gff3转换成Gmax_275_Wm82.a2.v1.gene.gtf
##2.运行gtfToGenePred -genePredExt Gmax_275_Wm82.a2.v1.gene.gtf Gm_refGene.txt 将Gmax_275_Wm82.a2.v1.gene.gtf转换成Gm_refGene.txt

##三、将基因组序列文件Gm.fa转化为Gm_refGeneMrna.fa。
##程序在path/Amelia/annovar/所以运行代码也在这个文件夹
##运行perl retrieve_seq_from_fasta.pl --format refGene --seqfile Gm.fa Gm_refGene.txt --out Gm_refGeneMrna.fa

##四、包含SNP的输入文件准备。
##输入文件格式，
Chr01    256    256    A    C
Chr01    278    278    G    T
第一列，染色体；第二列，起始物理位置；第三列，终止物理位置；第四列，参考基因组基因型；第五列，等位基因型
##保存在文本文档，改名为.avinput
##.avinput文件放在path/Amelia/annovar/文件夹下，Gm_refGene.txt和Gm_refGeneMrna.fa放在path/Amelia/annovar/soybeandb/文件夹下

##五、进行注释
##运行perl table_annovar.pl Chr01.avinput soybeandb/ -buildver Gm -outfile Gm01 -protocol refGene -operation g