生存分析 R语言(七)——Recurrent Events

本文介绍了在R语言中如何进行重复事件(Recurrent Events)的生存分析,包括泊松过程、乘积模型、非参数模型和半参数模型。讨论了随机效应在泊松过程中的作用,并提供了使用`coxph()`函数进行分析的例子,以及数据处理和模型构建的细节。
摘要由CSDN通过智能技术生成

Recurrent Events

生存分析中常研究单个终点事件的情况,如死亡;但是实际中许多慢性病会出现复发的状况,这也就意味着对于个体会多次发生events,此时我们称之为重复事件(recurrent events)。
一般研究重复事件会从计数过程或更新过程入手,对其均值,强度等进行研究。计数过程基于时间发生数量,更新过程基于等待时间。
对计数过程的研究主要分为两种:泊松过程和非泊松过程,本文主要考虑泊松过程。

泊松过程

泊松过程有两种定义:

  1. 不相交的时间间隔内,counts相互独立(或者说, [ t , t + Δ t ) [t,t+\Delta t) [t,t+Δt)时间内发生的事件数与t之前的历史无关)
  2. 强度函数(intensity function)为 λ ( t ∣ H ( t ) ) = ρ ( t ) \lambda(t|H(t))=\rho(t) λ(tH(t))=ρ(t) t > 0 t>0 t>0

从定义二中可窥见泊松过程是一个马尔可夫过程,在 ( t , t + Δ t ) (t,t+\Delta t) (t,t+Δt)内发生事件的概率或许与时间有关,但独立于历史H(t)。从协变量的角度看,随时间变化的协变量可被分为两类——external 和 internal,前者的值不会受重复事件过程的影响,即相互独立,后者反之(常数协变量是external)。所以泊松过程中只有external covariates。
mean function:
μ ( t ) = E { N ( t ) } \mu(t)=E\{N(t)\} μ(t)=E{ N(t)}
rate function:
ρ ( t ) = μ ′ ( t ) \rho(t)=\mu'(t) ρ(t)=μ(t)
对于泊松过程, λ ( t ) = ρ ( t ) \lambda(t)=\rho(t) λ(t)=ρ(t)

Multiplicative model

直观的说Cox PHM就是一种multiplicative model,即模型基本由两部分相乘组成:
ρ ( t ∣ x ( ∞ ) ) = ρ ( t ∣ x ( t ) ) = ρ 0 ( t ) e x p ( z ′ β ) \rho(t|x^{(\infty)})=\rho(t|x^{(t)})=\rho_0(t)exp(z'\beta) ρ(tx())=ρ(tx(t))=ρ0(t)exp(zβ)
根据实际需求,协变量z可随时间变化,即z(t)

  1. Nonparametric model
    顾名思义,没有具体参数形式的非参模型
  2. Anderson-Gill model
    仅baseline function没有具体参数形式,即上述模型为半参(类似Cox PHM)。
    求得 β ^ \hat\beta β^ 后,利用generalised Nelson-Aalen Estimate估计基线均值函数:
    μ ^ 0 ( t ) = ∫ 0 t d μ ^ 0 ( s ) = ∑ h : t ( h ) ≤ t d N ˉ . ( t
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R语言提供了多种人工神经网络算法的实现,其中最常用的是神经网络(neural network)和深度学习(deep learning)算法。下面是对R语言中人工神经网络算法的简要介绍: 1. 神经网络(neural network):神经网络是一种模拟人脑神经元之间相互连接的计算模型。在R语言中,可以使用`nnet`包来构建和训练神经网络模型。该包提供了多种神经网络类型和训练算法,可以用于分类和回归问题。 2. 深度学习(deep learning):深度学习是一种基于神经网络的机器学习方法,通过多层次的神经网络结构来学习数据的特征表示。在R语言中,可以使用`keras`包来构建和训练深度学习模型。`keras`包是一个高级神经网络API,支持多种深度学习框架,如TensorFlow和Theano。 3. 循环神经网络(recurrent neural network):循环神经网络是一种具有循环连接的神经网络结构,可以处理序列数据和时间序列数据。在R语言中,可以使用`rnn`包来构建和训练循环神经网络模型。该包提供了多种循环神经网络类型和训练算法,如长短期记忆网络(LSTM)和门控循环单元(GRU)。 4. 卷积神经网络(convolutional neural network):卷积神经网络是一种专门用于处理图像和视觉数据的神经网络结构。在R语言中,可以使用`tensorflow`包或`keras`包来构建和训练卷积神经网络模型。这些包提供了丰富的卷积神经网络层和训练算法,可以用于图像分类、目标检测等任务。

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