生存分析系列教程（一）使用生信人工具盒进行生存分析

生信人工具盒是生信人团队的开发的一款软件，非常方便。下面我将演示一下如何通过这款软件进行生存分析。为了方便大家理解，形式依然是  数据结构-操作-结果解读。

1. 表达矩阵与生存信息矩阵

表达矩阵依然是分成两部分，基因名和样本名，分别是行名和列名。其中null数据软件会自动过滤掉。

生存信息矩阵，这里包括两部分，生存时间和状态。注意这里生存时间的单位是日，死亡状态是1，生存状态是0.

重要提示！！！两个文件都需要保存成txt格式！

2. 运行生信人工具盒

生信人工具盒下载方式可以加群：244470185

设置好参数点击批量运行，然后导出就可以啦。

3. 结果解读

输出结果中依次是基因名，HR，coef，95置信区间，Z值和P值。

比较重要的是HR，一般HR越高表明风险越大。

Coef的正负则表示对结果的促进或者抑制。

4. 代码

希望在R语言中重现的小伙伴可以看帖：https://shengxin.ren/article/145

帖子中讲到的对应代码如下：

library(survival)
setwd("D:/Work/code/Test/GSE25065_family.xml")
data=read.csv('CoxResult.txt.matrix',sep = '\t',row.names = 1)
head(data)
time=data[,1]
status=data[,2]
cox1=coxph(Surv(time, status) ~ ACADSB,data)
cox2=coxph(Surv(time, status) ~ GATA3,data)
cox3=coxph(Surv(time, status) ~ CHMP6,data)
cox4=coxph(Surv(time, status) ~ ADCY9,data)

GEO芯片数据差异表达分析时需要log2处理的原因

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/88542805

GEO芯片数据差异表达分析时是否需要log2以及标准化的问题

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/88542558

差异表达矩阵制作教程

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/83659768

差异表达的热图绘制详见

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/83659501

使用edgeR对RNAseq数据进行差异表达分析教程

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/88785486

差异表达分析（DEG）时 row.names'里不能有重复的名字 的解决方案

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/86568155

生存分析系列教程（一）使用生信人工具盒进行生存分析

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/83685403

富集分析与蛋白质互作用网络（PPI）的可视化 Cystocape入门指南

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/88048439

进阶版Venn plot：Upset plot入门实战代码详解——UpSetR包介绍

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/83109527

使用R语言ggplot2包绘制pathway富集分析气泡图（Bubble图）:数据结构及代码

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/82141817

 

前段时间发现发现本文被  程序员大本营  剽窃  大概是这样的↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓