生信星球3-linux环境下的软件安装

今天的学习内容是——linux如何安装软件？
conda，linux的应用商店
miniconda，conda精华版
fastqc，生信需要的软件
conda的分身，不同的生信实战项目需要

下载miniconda

登陆服务器 ssh+账号
ssh bio07@182.42.145.90

使用wget命令下载
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

开始安装 bash
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

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配置镜像

conda：测试
检查已安装软件 conda list
配置conda镜像

清华源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
USTC
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --set show_channel_urls yes

查看channelsconda config --get channels
移除某个channelsconda config --remove channels

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软件安装

安装软件：conda install 软件名

conda install fastqc -y -y是yes
确认fastqc软件是否安装成功fastqc --help
安装特定版本软件ex. conda install bwa=0.7.12

软件更新 ： conda update 软件名

搜索： conda search fastqc

软件卸载： conda remove 软件名

附：conda 卸载
A ：首先 rm -rf ~/miniconda3
B: 环境变量中去掉conda, vi ~/bash_profile 删除conda路径，退出保存
C: 删除隐藏的.condarc 、.conda以及.continuum文件

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conda环境

查看当前conda有哪些环境
conda info --envs

建立一个名叫rnaseq的conda环境
然后指定python版本是3
安装软件fastqc
trimmomatic conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

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写在最后