生信软件安装教程： HiC-Pro安装教程

最新推荐文章于 2024-09-09 12:00:38 发布

Nancy Shea

最新推荐文章于 2024-09-09 12:00:38 发布

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分类专栏： notes 文章标签： linux python

本文链接：https://blog.csdn.net/Kenina_Xie/article/details/128869011

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本文提供了一步一步的HiC-Pro安装教程，适合Linux环境。首先从GitHub下载源码，然后解压并进入目录。编辑config-install.txt文件，根据个人环境设置bowtie2、samtools、Python和R的路径。安装必要的依赖，如gcc-c++，并进行configure和install步骤。最后更新bashrc文件，设置别名以便快速启动HiC-Pro。

摘要由CSDN通过智能技术生成

wget HiC-Pro-master.tar.gz ## from github:
tar -zxvf HiC-Pro-master.tar.gz
cd HiC-Pro-master

Edit config-install.txt file if necessary

make configure
make install

conda env create -f MY_INSTALL_PATH/HiC-Pro/environment.yml -p WHERE_TO_INSTALL_MY_ENV
conda activate WHERE_TO_INSTALL_MY_ENV

which bowtie2
vim ~/software/HiC-Pro-3.1.0/config-install.txt
cat ~/software/HiC-Pro-3.1.0/config-install.txt
/home/xiecn/miniconda3/envs/hic/bin/bowtie2
/home/xiecn/miniconda3/envs/hic/bin/samtools
/home/xiecn/miniconda3/envs/hic/bin/python
/home/xiecn/miniconda3/envs/hic/bin/R
vim ~/software/HiC-Pro-3.1.0/config-install.txt
mkdir /home/xiecn/miniconda3/envs/hic/bin/HiC-Pro/
cd ~/software/HiC-Pro-3.1.0/
which gcc
which g++
sudo yum install -y gcc-c++
which g++
make confi