SAM/BAM格式中FLAG字段解析正负链

在SAM/BAM格式中，FLAG字段用于存储有关比对的多种信息，包括比对方向（正链或负链）。

FLAG字段是一个整数，通常用二进制位来表示多种信息。第五位表示比对方向，如果该位为1，则表示比对到了反向互补链（负链），如果为0，则表示比对到了正链。

具体解析方法如下：

1. 如果FLAG的二进制表示的第五位（从右往左数）为1，则该比对是负链。
2. 如果FLAG的二进制表示的第五位为0，则该比对是正链。

以下是Python代码示例，演示如何解析FLAG字段来确定比对是否为正链或负链：

def is_reverse_strand(flag):
    # 将FLAG转换为二进制，并获取倒数第五位
    return (flag & 16) != 0

# 示例FLAG值
flag_value = 16

# 判断是否为负链
if is_reverse_strand(flag_value):
    print("该比对是负链")
else:
    print("该比对是正链")

# samtools flags 16 

关于FLAG的介绍  https://genome.sph.umich.edu/wiki/SAM