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MINT, 全称molecular interaction Database, 是一个蛋白质相互作用的数据库,该数据库中的蛋白相互作用都是由专家审核过的有实验证据支持的,目前该数据库涵盖了607个物种,共117001个蛋白相互作用关系。网址如下
目前该数据库中的数据已经集成到intact
这个数据库中去了,所以官网上只提供了下载功能,示意如下
既可以一次下载整个数据库中的所有内容,也可以只下载常见物种的数据。下载的文件格式称之MITAB
格式,这种格式是\t
分隔的纯文本文件,专门用来描述两个蛋白间的相互作用。
对于蛋白A和蛋白B, 如果二者存在相互作用,就说存在一个interaction
, 而蛋白A和B称之为interactors
, 在MITAB
格式的文件中,除了记录interaction 之外,还记录了interactors
的诸多属性。该文件列数很多,下面对前15列信息进行说明
1. column1
第一列记录的信息为Unique identifier for interactor A, 代表蛋白A的唯一标识符,在MINT数据