HPRD:human专属的PPI数据库

最新推荐文章于 2024-04-28 09:19:54 发布
最新推荐文章于 2024-04-28 09:19:54 发布
阅读量6k 收藏 10
点赞数 1
分类专栏： 转录组 文章标签： HPRD PPI 蛋白质相互作用
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/83754449
版权

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!

HPRD全称Human Protein Reference Database, 是一个专门存储人类蛋白质相互作用信息的数据库，和其他同类数据库相比，该数据库中存储的蛋白质互作信息都是经过实验验证的，而且数量上有明显优势。该数据的网址如下

http://hprd.org/index_html

在文献中，对HPRD和其他数据库进行了比较，结果如下
在这里插入图片描述
图片A表示不同数据库中存储的人类蛋白质相互作用的数据，从柱状图上可以明显看到，HPRD的数据量最大，而且冗余的信息很少；图片B表示不同数据库中蛋白相互作用数量的分布，从图中可以看到，每个阶段都是HPRD最佳。

除了数据质量和数量上的优势，HPRD还提供了蛋白质的表达谱，分类，结构域，亚细胞定位，转录后修饰，通路等其他信息，该数据库最新版为release 9, 其中的信息统计如下
扫

最低0.47元/天 解锁文章
生信修炼手册
关注
  • 1
    点赞
  • 踩
  • 10
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 6
    评论
专栏目录
DeepPose: Human Pose Estimation via Deep Neural Networks
06-05
《DeepPose ： Human Pose Estimation via Deep Neural Networks 》原始论文，其为第一篇应用深度神经网络于姿态估计领域（Human Pose Estimation）的文章。发表于CVPR2014。
Scratch益智游戏作品：Human Resource Machine
03-26
游戏十分困难，拖动背景开始游戏，游戏规则请看“新手教程”。干货满满，欢迎转载，记得注明原作者。此后仍有作品或有趣游戏，请关注原作者，且点赞加收藏，记得推荐好友。下载即可游玩，快来下载吧！
[转载]蛋白质相互作用数据库
amw5181360的博客
01-10 1444
去，来，最终还是到蛋白质！ PPI：protein-proteininteraction 1.DIP(databaseofinteractingproteins) http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Main.cgi在页面点击 Searchby:[protein][sequence][m...
PPI database：STRING VS IntAct VS IMEx
Julse的博客
12-02 578
S. Orchard et al., “Protein interaction data curation: The International Molecular Exchange (IMEx) consortium,” Nature Methods, vol. 9, no. 4, pp. 345-350, Apr 2012 Henning et al, IntAct: an open source molecular interaction database, Nucleic Acids Resea..
PPI 抑制剂库是PPI药物发现和相关研究的有用工具 | MedChemExpress (MCE)
最新发布
mmmm12134的博客
04-28 301
细胞焦亡在炎症及感染疾病中得到广泛研究，最近越来越多的研究表明，细胞焦亡在癌症，心血管疾病及代谢紊乱等疾病的发生发展中也发挥重要作用。我们将在明确您的产品用途后，向符合资质的客户通过定制合成服务的方式提供 MCE 细胞焦亡化合物库，我们为该库中的所有产品提供溶液包装或粉末包装。配方：以预溶解溶液或固溶体形式提供的 569 种蛋白质-蛋白质相互作用抑制剂的集合：558 种化合物以 10 mM 溶液形式提供，8 种化合物以 2 mM 溶液形式提供，3 种化合物以 3 mg/mL 溶液形式提供。
HPRD数据库HPRD_Release9_062910表中最后一列RefSeq字段的含义
Anntonnia的博客
09-26 2084
RefSeq — 是NCBI数据库的参考序列 RefSeq 资 料 库 是 NCBI 将 GenBank 的 序 列 再 做 详 细 整 理 的 non-redundent 序 列 资 料 库 , 它 的 序 列 格 式 和 GenBank 几 乎 完 全 相 同 , 但 因 为 是 完 全 不 同 的 独 立 资 料 库 , 为 与 GenBank 区 别 , RefSeq 的Access
Pdb蛋白质数据库网址！+30蛋白质数据库网站！
Yiyaoshujuku的博客
07-21 1760
⓪BioXFinder：收录50多万条高质量的、整合多个来源数据，手工注释的非冗余的蛋白质信息，包含蛋白质的基本信息、序列、序列特征、功能、名称和谱系、亚细胞定位、疾病与变异、翻译后修饰、表达、相互作用等信息。 蛋白结构库：收录19多万条经过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质结构数据。包括蛋白3D结构、基本信息、实验数据、参考文献等。
（转）protein 数据库
weixin_30486037的博客
12-23 960
最早关注蛋白质互作网络，是在来GDMC第一年的时候，中间停了半年看互作-各种算法，网络分析停滞不前，没想到搞到最后，还是和网络碰到了一起，我总是会潜意识走近给自己第一印象不错的object，包括人。用PPI来做证据，当然要选择证据性最强的网站，先列表如下：1. DIP (database of interacting proteins)http://dip.doe-mbi.ucla.edu...
Kaggle-人类蛋白质图谱图像分类(Human Protein Atlas)
myc的博客
01-19 9985
转载于Gary https://zhuanlan.zhihu.com/p/54743461 比赛介绍 任务介绍 本次比赛的问题是场景识别 定位的是蛋白质所处位置的识别,例如在细胞液，细胞核里之类的 依输出分所属多标签分类（Multi-lable Classification） 难点及数据介绍 首先一张示例图如下: ...
第4部分:使用Coach构建Human服务
02-26
在第2部分中，您学习了如何使用最常用的Lombardi功能（包括业务流程定义以及Integration、Human和Rule服务）来建模示例流程。在第3部分中，您学习了如何使用Lombardi的一些高级功能来完善流程，从而满足更复杂的需求...
ember-addon:Human 2.0插件框架
05-05
灰烬图像服务 本自述文件概述了在此Ember插件上进行协作的详细信息。 安装 git clone这个仓库 npm install bower install 跑步 ember server 访问您的应用程序，为 。...npm链接ember-image-service && ember
ppi蛋白质网络数据集
08-08
网络表示学习,ppi-class_map.json,ppi-feats.npy,ppi-G.json,ppi-walks,txt,ppi-id_map.json
PPI Network.zip
04-10
很好的数据，经过清洗后的数据。提供了蛋白质相互作用信息以及蛋白质相互作用的权值。供生物信息爱好者参考。
什么叫CPI,PPI数据
04-07
希望对这方面自己是缺乏者有很大的帮助，清懂得学习的朋友们下载吧
GroupLens_MovieLens数据集（完整版含三个数据量文件）
03-18
国内下载，网速更快 官网下载地址：http://grouplens.org/datasets/movielens/ 三个文件数据简介如下： MovieLens 100k 100,000 ratings from 1000 users on 1700 movies. MovieLens 1M 1 million ratings from 6000 users on 4000 movies. MovieLens 10M 10 million ratings and 100,000 tag applications applied to 10,000 movies by 72,000 users.
蛋白质组学
热门推荐
SHMILYRINGPULL的专栏
03-11 1万+
蛋白质组学 蛋白质是生物体的重要组成部分，参与几乎所有生理和细胞代谢过程。此外，与基因组学和转录组学比较，对一个细胞或组织中表达的所有蛋白质，及其修饰和相互作用的大规模研究称为蛋白质组学。 蛋白质组学通常被认为是在基因组学和转录组学之后，生物系统研究的下一步。然而，蛋白质组的研究远比基因组学复杂，这是由于蛋白质内在的复杂特点，如蛋白质各种各样的翻译后修饰所决定的。并且，研究基因组学的技术要比研
PPI数据集分析
m0_50976935的博客
10-27 3051
蛋白质 - 蛋白质相互作用网络，包含位置基因集，基序基因集和免疫特征作为特征（共50个）和基因本体集作为标签（共121个）。graphsnodesedgesfeaturestasks20~2,245~61,31850121# 加载数据集 dataset = PPI(root = 'E:/data/ppi') # 若是先前已经存在数据集，那么就把对应的数据集的文件放在以raw命名的文件夹中即可 print(f'数据集包含图的数量是: {
PPI数据集
ziqingnian的博客
01-22 9795
PPI（Protein–protein interactions）蛋白质交互作用 下载地址：http://snap.stanford.edu/graphsage/ppi.zip PPI 网络是蛋白质相互作用（Protein-Protein Interaction,PPI）网络的简称，在GCN中主要用于节点分类任务 PPI是指两种或以上的蛋白质结合的过程，通常旨在执行其生化功能。 一般地，如果两个蛋白质共同参与一个生命过程或者协同完成某一功能，都被看作这两个蛋白质之间存在相互作用。多个蛋白质之间的复杂
PyG PPI 数据集
qq_27390023的博客
06-22 534
【代码】PyG PPI 数据集。
UALCAN数据库使用教程.pdf
10-08
6. **链接到外部资源**：UALCAN与HPRD（Human Protein Reference Database）、GeneCards、PubMed、TargetScan、The Human Protein Atlas、DrugBank、OpenTargets和GTEx等多个数据库相连，提供更全面的基因和靶标信息...

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论 6
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值