拼接两条有重叠区域的核酸序列

最新推荐文章于 2021-07-29 07:00:00 发布

dej0257

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原文链接：http://www.cnblogs.com/Xeonilian/p/16S_rRNA_merge.html

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这篇博客介绍了如何使用DECIPHER软件包结合Sanger测序的正反向16S rRNA基因序列，通过识别重叠区域进行序列拼接。博主详细阐述了测序目的、引物设计、测序结果分析以及拼接步骤，强调了检查错配和简并碱基的重要性，并分享了操作代码。

摘要由CSDN通过智能技术生成

27F 和 1492R 是细菌 16S 核糖体基因的一对通用引物。利用这对引物扩增DNA提取物，然后进行Sanger法测序，能获得两条长度约为 800+ 的 DNA 序列。根据正链（+）和负链（-）序列之间的重叠部分拼接，就能拼接出一条 16S rRNA 基因序列。
- F = forward，R = Reverse，数字 = 结合的位置。
- 27F： TACGGYTACCTTGTTACGACTT。
- 1492R: AGAGTTTGATCMTGGCTCAG。
因为序列书写和合成都是认从 5-P端到3'-OH端 ，所以（-）链反向之后，才能与（+）链互补。而要从（-）推出对应的（+）链部分，需要进行 反补（Reverse complement）。
拼接 的原理：利用 局部联配（local alignment） 找到 重叠的区域（overlap）。

DNA双链模板：

5' ATGCAGGGGAAACATGATTCAGGAC 3' （+）

3' TACGTCCCCTTTGTACTAAGTCCTG 5' （-）

R引物 GTC，与（+）链结合，G在5'端，从G往C合成，得到 （-）链。

                         CTG(R)

5' ATGCAGGGGAAACATGATTCAGGAC 3' （+）

3' TACGTCCCCTTTGTACTAAGTCCTG 5' （-）

   ATG(F)

（+）链还是正的：

5' ATGCAGGGGAAACATGATTCAGGAC 3' （+）模板

5' ATGCAGGGGAAACATG————————— 3' （+）合成结果

（-）链的结果反向书写：

3' TACGTCCCCTTTGTACTAAGTCCTG 5' （-）模板

5' GTCCTGAATCATGTTTCCCCTGCAT 3' （-）模板反向

5' GTCCTGAATCATGTTT————————— 3' （-）合成结果

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