如何从NCBI下载基因组数据

• 本文关于如何在 NCBI 的 FTP 里下载需要的基因组数据。

已知信息

• 例如：我从文献里看到作者测了 Escherichia coli ATCC 25922 的基因组，想从NCBI下载。

原文提供的信息是：

This Whole Genome Shotgun project has been deposited at DDBJ/EMBL/ GenBank under the accession number ASHD00000000. The version described in this paper is version ASHD01000000.

我们获得的关键信息：

1. 物种和菌株名字：Escherichia coli ATCC 25922；
2. Accession number：ASHD00000000;
3. Version：ASHD01000000。

理论

• 平时下载单条序列常常是直接从页面选择导出fasta文件，对于基因组则应该找到它在 FTP 中的位置，然后将整个文件夹下载下来。

实际操作

• 在All database 里搜索 Escherichia coli ATC