m6A甲基化及预测方法工具总结

最新推荐文章于 2024-07-24 10:05:59 发布
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本文总结了RNA N6-腺苷酸甲基化（m6A）的生物学意义及其在疾病中的作用，介绍了多个用于预测RNA m6A甲基化位点的软件工具，包括iRNA-Methyl、SRAMP、iRNAm5C-PseDNC、M6AMRFS、M6APred-EL和DeepM6ASeq，并提到了m6Acomet用于功能预测。
摘要由CSDN通过智能技术生成


DNA、RNA和蛋白三个层面的可逆修饰示意图（Fu et al. Nature Reviews Genetics, 2014）


DNA和蛋白存在各种修饰，RNA也不例外，目前已知的RNA修饰已经超过上百种。RNA根据编码性可分为编码RNA（protein-coding RNA）和非编码RNA（noncoding RNA）两大类，这些RNA转录后会发生各种修饰，包括N6-腺苷酸甲基化（N6-methyladenosine，m6A）、胞嘧啶羟基化（m5C）、N1-腺苷酸甲基化（m1A）等等。m6A甲基化是真核生物RNA中最常见的一种转录后修饰，大约占到了RNA甲基化修饰的80%左右。


真核生物中mRNA的各种化学修饰（Roundtree et al. Cell, 2017）



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dikuangzhong6068
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论文解读《ISGm1A：整合序列特征和基因组特征，提高对人类m1ARNA甲基化位点的预测》
qq_56871638的博客
09-01 1263
提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档 文章目录前言一、pandas是什么？二、使用步骤1.引入库2.读入数据总结 前言 提示：这里可以添加本文要记录的大概内容： 例如：随着人工智能的不断发展，机器学习这门技术也越来越重要，很多人都开启了学习机器学习，本文就介绍了机器学习的基础内容。 提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考 一、pandas是什么？ 示例：pandas 是基于NumPy 的一种工具，该工具是为了解决数据分析任务而创建的。 二、使用步骤 1.引入库 代码
微量样本RNA甲基化m6A技术比较
E_gene的博客
07-10 996
在哺乳动物mRNA中，N6-甲基腺苷（m6A）约占所有腺苷的0.2％至0.6％，是丰度最高的mRNA修饰。RNA免疫沉淀后通过高通量测序（MeRIP-seq），是转录组范围内检测m6A修饰位置最为有力的技术方法。 常规免疫沉淀富集需要上百微克的总RNA，这限制了其在许多领域的应用。微量MeRIP技术优化实验过程中的关键参数，包括RNA的起始量，RNA片段化，抗体选择，MeRIP洗涤/洗脱条件，RNA文库构建方法和生物信息学分析流程，实现最低500ng总RNA分析转录组m6A修饰分布。 通过2个肺腺癌（A
易基因：RNA m6A甲基化修饰和特定基因m6A位点的检测方法｜干货分享
最新发布
E_gene的博客
07-24 1080
该方法片段化的RNA与m6A抗体孵育，然后RNA-抗体复合物通过254 nm UV光交联，通过蛋白酶消化得到的氨基酸残基抑制逆转录中的碱基配对，导致在m6A位点附近发生片段化或突变，最终以单碱基分辨率获得m6A位点信息（图1A）。易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），结合高通量测序，可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量，总RNA起始量可降低至10μg，最低仅需1μg总RNA。
m6A RNA甲基化MeRIP-seq测序分析实验全流程解析
生信小博士的博客
12-09 2100
MeRIP通过m6A特异性抗体富集和测序，用于研究RNA的腺苷甲基化修饰。易基因自主研发微量RNA甲基化检测技术，样本起始量可降低至10-20μg，最低仅需5μg总RNA。m6A研究思路整体把握m6A甲基化图谱特征：m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析；
易基因｜m6A RNA甲基化研究的数据挖掘思路：干货系列
E_gene的博客
03-03 758
可应用于动物、植物、细胞及组织的m6A检测。m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析。差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示。同一样本/组别内，所有基因的表达水平与对应基因的m6A富集程度、m6A peak数量进行关联。
易基因｜RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术介绍
E_gene的博客
08-11 2412
MeRIP-seq结果显示：胚胎期骨骼肌发育六个不同阶段的m6A修饰呈现高度的动态变化，且大多数受影响的基因在与骨骼肌发育相关的通路中富集。易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），结合高通量测序，可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量，总RNA起始量可降低至10μg，最低仅需1μg总RNA。采用m6A-seq（MeRIP-seq）测序方法，对猪骨骼肌发育六个胚胎期的纵向转录组和表观转录组图谱进行分析。...
一篇综述读懂m6A甲基化+分型+免疫浸润+机器学习。快来get
2301_79430545的博客
11-15 76
单因素分析显示，风险评分（p=0.002，HR=5.03）、肿瘤分期（p=0.001，HR=1.515）、T分期（p=0.006，HR=1.436）、M分期（p=0.005，HR=3.175）和N分期（p=0.004，HR=2.627）与OS显著相关，随后的多变量Cox回归分析表明，风险评分（p=0.001，HR=7.830）和N分期（p=001，HR=3.640）（图7E，F）是癌症的独立预后因素。总之，该研究着眼于m6A RNA调节因子在宫颈癌症中的表达、它们与PD-L1的关系以及推定的调节机制。
4mCpred-EL:一个用于识别小鼠基因组中DNA n4 -甲基胞嘧啶位点的集成学习框架
weixin_45156147的博客
03-06 1407
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数据分析工具推荐 | adaptive-m6A：从RNA序列中鉴定物种特异性m6A修饰位点
wen05054105的博客
04-23 484
近日，《Briefings in Bioinformatics》发表了一种基于注意力的深度学习方法adaptive-m6A，用于识别多个物种中的m6A位点。
RNA甲基化修饰m6A简介及研究思路
Igenebook的博客
06-28 1233
本研究通过应用低起始量的甲基RNA免疫沉淀和测序技术（picoMeRIP-seq），成功绘制了小鼠卵母细胞和着床前胚胎中N6-甲基腺苷（m6A）修饰的动态图谱，揭示了m6A修饰在调控早期胚胎发育、基因表达、母体到合子转换过程中的关键作用，以及其在逆转录子RNA上的显著富集，为深入理解m6A修饰在哺乳动物早期发育中的调控机制提供了宝贵的数据资源和科学见解。RNA的化学修饰是细胞调控基因表达的重要机制之一。大豆，桂花，秋茄，樟树，番茄，杨树，苹果，拟南芥，刺梨，棉花，水稻，木麻黄，火炬松，青稞，碎米荠…
DNA-methylation-prediction:用于预测CpG位点甲基化状态的ML
04-09
DNA甲基化预测 用于预测CpG位点甲基化状态的ML
Funm6AViewer:鉴定和可视化功能性m6A甲基化差异基因（FDmMGenes）和单碱基DmM位点
04-19
Funm6AViewer 鉴定和可视化的功能性差异m6A甲基化基因（FDmMGenes）和单碱基DmM位点。 我们还开发了Funm6AViewer Web服务器，该服务器可从免费获得。 1.安装 Funm6AViewer取决于GenomicFeatures，GuitarFeatures，Guitar，trackViewer，DESeq2，STRINGdb，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，org.Hs.eg.db R软件包，请确保在安装Funm6AViewer之前已安装它们。 建议使用R版本> = 3.6。 安装所需的软件包 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(c("Ge
易基因｜一文读懂：八大RNA m6A甲基化研究核心问题
E_gene的博客
02-10 3108
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 近年来，RNA m6A甲基化作为国家自然科学基金表观遗传学研究的热门领域，相关研究产出呈爆炸式增长，高分文章不断。本期，易基因通过对什么是RNA甲基化、m6A甲基化是否可逆、m6A甲基化的识别、m6A甲基化修饰的功能、m6A甲基化的主要研究方向、m6A甲基化检测技术工具的选择、m6A甲基化数据挖掘思路、m6A甲基化下游实验设计等八大核心问题进行总结，让您一问读懂m6A甲基化。 1、什么是RNA甲基化 RNA上修饰的种类很多
易基因｜综述：单细胞DNA甲基化分析方法全介绍及未来发展前景预测
E_gene的博客
05-06 1151
​大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2021年07月10日，《Biomolecules》杂志上发表一篇关于单细胞表观测序的综述文章，详细介绍了单细胞DNA甲基化的实验策略、分析方法、数据分析以及相关科研应用并讨论了单细胞甲基化测序的未来发展前景。以下为原文总结分享： Introduction 在这篇综述中，作者概述了测序单细胞DNA甲基化图谱的方法，介绍了单细胞分析方法的基本原理和技术，并讨论了不同方法之间的差异。此外，因为大多数单细胞甲基化分析需要来自基因组内
IDNA-ABF: DNA甲基化可解释预测的多尺度深度生物语言学习模型
weixin_42424479的博客
11-03 1008
在本研究中，提出了IDNA-ABF，这是一种多尺度深度学习生物语言学习模型，能够仅基于基因组序列对DNA甲基化进行解释性预测。基准比较表明，IDNA-ABF在不同甲基化预测方面优于最先进的方法，重要的是，展示了深度语言学习在从背景基因组中获取顺序和功能语义信息方面的威力。此外，通过可解释的分析机制，我们从很好地解释了模型所学东西，帮助我们建立了从发现重要序列决定因素到深入分析其生物功能的映射。
iDNA-ABF：DNA甲基化可解释预测的多尺度深度生物语言学习模型
m0_52930699的博客
04-03 983
在这项研究中，我们提出了IDNA-ABF，一个多尺度的深度生物语言学习模型，能够仅基于基因组序列对DNA甲基化进行可解释的预测。基准比较表明，我们的IDNA-ABF在不同甲基化预测方面的性能优于最先进的方法。重要的是，我们展示了深度语言学习的力量，它可以从背景基因组中获取顺序和功能语义信息。此外，通过集成可解释的分析机制，我们很好地解释了模型所学到的内容，帮助我们建立了从发现重要的序列决定因素到深入分析它们的生物学功能的映射。关键词：DNA甲基化、深度学习、多尺度信息处理、可解释性分析。
论文解读《TS-m6A-DL：使用通用深度学习模型对n6-甲基腺苷位点进行组织特异性识别》
qq_53674802的博客
01-30 1028
摘要 最常见的转录后修饰，n6-甲基腺苷(m6a)，与许多关键的生物过程有关。精确检测基因组周围的m6a位点对于揭示其调控功能和为药物设计提供新的见解至关重要。虽然已经引入了检测m6a位点的实验和计算模型，但这些传统的方法是费力和昂贵的。此外，这些模型中只有少数模型能够检测到各种组织中的m6a位点。因此，需要一种更通用和优化的计算方法来检测不同组织中的m6a位点。在本文中，我们提出了一种基于深度神经网络(DNN)的通用模型，并将其命名为TS-m6A-DL，该模型可以对人类（智人）、小鼠（小家鼠）和大鼠（褐家
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