m6A甲基化及预测方法工具总结

最新推荐文章于 2023-04-23 16:11:52 发布
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DNA、RNA和蛋白三个层面的可逆修饰示意图（Fu et al. Nature Reviews Genetics, 2014）


DNA和蛋白存在各种修饰，RNA也不例外，目前已知的RNA修饰已经超过上百种。RNA根据编码性可分为编码RNA（protein-coding RNA）和非编码RNA（noncoding RNA）两大类，这些RNA转录后会发生各种修饰，包括N6-腺苷酸甲基化（N6-methyladenosine，m6A）、胞嘧啶羟基化（m5C）、N1-腺苷酸甲基化（m1A）等等。m6A甲基化是真核生物RNA中最常见的一种转录后修饰，大约占到了RNA甲基化修饰的80%左右。


真核生物

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dikuangzhong6068
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DNA-methylation-prediction:用于预测CpG位点甲基化状态的ML
04-09
DNA甲基化预测 用于预测CpG位点甲基化状态的ML
RNA m6A修饰问题汇总
微生信
05-09 1347
RNA m6A修饰无疑是表观转录组学中最受关注的研究内容之一，目前的研究已经表明，m6A可能影响mRNA的运输、降解、翻译以及代谢等方方面面，这种转录后修饰参与多种病理生理过程。mRNA m6A研究该注意哪些问题？高通量测序获得的差异甲基化分子该如何挑选？下游分子实验该如何设计？纽科生物长期关注并参与RNA m6A修饰的课题，我们精心筛选并整理了有关m6A研究的常见问题，结合近期发表的m6A文献综述，给各位老师提供全面答疑。
M6A rna甲基化最新研究成果进展、论文合集（2021年）
Bio12345的博客
11-04 1063
【1】M6ARNA甲基化介导的RMRP稳定性通过调控TGFBR1/SMAD2/SMAD3通路，导致非小细胞肺癌的增殖和进展 2021-11-04报道，基于The Cancer Genome Atlas数据库的综合分析，作者发现线粒体RNA加工核糖核酸内切酶(Mitochondrial RNA Processing Endoribonuclease, RMRP)的lncRNA-RNA组件是与NSCLC低生存率相关的最高上调的lncrna之一。 此外，N(6)-甲基腺苷(m6A)在RMRP内高度富集，增强.
易基因｜m6A RNA甲基化研究的数据挖掘思路：干货系列
E_gene的博客
03-03 631
可应用于动物、植物、细胞及组织的m6A检测。m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析。差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示。同一样本/组别内，所有基因的表达水平与对应基因的m6A富集程度、m6A peak数量进行关联。
论文笔记：m6Acorr: an online tool for the correction and comparison of m6A methylation profiles
wangpan007的博客
10-14 644
文章目录前言必备生物知识一、论文创新点二、背景 前言 论文发表期刊：《BMC BIOINFORMATICS》 期刊影响因子：3.242 期刊中科院分区：生物 3 区 m6Acorr服务器： http://www.rnanut.net/m6Acorr 校正函数及数据网址： https://github.com/emersON106/m6Acorr 补充材料网址： https://doi.org/10.1186/s12859-020-3380-6 作者简介：李建伟来自河北科技大学，黄燕来自北京大学 必备生物知识
易基因｜典型案例：MeRIP-seq综合分析肺腺癌中的转录组m6A甲基化组
E_gene的博客
10-19 1033
m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析。差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示。MeRIP-seq、mRNA-seq、甲基化组与转录组关联分析、结合公共数据库分析、实验验证（qPCR、RIP-qPCR）
微量样本RNA甲基化m6A技术比较
E_gene的博客
07-10 946
在哺乳动物mRNA中，N6-甲基腺苷（m6A）约占所有腺苷的0.2％至0.6％，是丰度最高的mRNA修饰。RNA免疫沉淀后通过高通量测序（MeRIP-seq），是转录组范围内检测m6A修饰位置最为有力的技术方法。 常规免疫沉淀富集需要上百微克的总RNA，这限制了其在许多领域的应用。微量MeRIP技术优化实验过程中的关键参数，包括RNA的起始量，RNA片段化，抗体选择，MeRIP洗涤/洗脱条件，RNA文库构建方法和生物信息学分析流程，实现最低500ng总RNA分析转录组m6A修饰分布。 通过2个肺腺癌（A
易基因｜RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术介绍
E_gene的博客
08-11 2255
MeRIP-seq结果显示：胚胎期骨骼肌发育六个不同阶段的m6A修饰呈现高度的动态变化，且大多数受影响的基因在与骨骼肌发育相关的通路中富集。易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），结合高通量测序，可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量，总RNA起始量可降低至10μg，最低仅需1μg总RNA。采用m6A-seq（MeRIP-seq）测序方法，对猪骨骼肌发育六个胚胎期的纵向转录组和表观转录组图谱进行分析。...
数据分析工具推荐 | adaptive-m6A：从RNA序列中鉴定物种特异性m6A修饰位点
最新发布
wen05054105的博客
04-23 424
近日，《Briefings in Bioinformatics》发表了一种基于注意力的深度学习方法adaptive-m6A，用于识别多个物种中的m6A位点。
易基因｜一文读懂：八大RNA m6A甲基化研究核心问题
E_gene的博客
02-10 2595
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 近年来，RNA m6A甲基化作为国家自然科学基金表观遗传学研究的热门领域，相关研究产出呈爆炸式增长，高分文章不断。本期，易基因通过对什么是RNA甲基化、m6A甲基化是否可逆、m6A甲基化的识别、m6A甲基化修饰的功能、m6A甲基化的主要研究方向、m6A甲基化检测技术工具的选择、m6A甲基化数据挖掘思路、m6A甲基化下游实验设计等八大核心问题进行总结，让您一问读懂m6A甲基化。 1、什么是RNA甲基化 RNA上修饰的种类很多
Funm6AViewer:鉴定和可视化功能性m6A甲基化差异基因（FDmMGenes）和单碱基DmM位点
04-19
Funm6AViewer 鉴定和可视化的功能性差异m6A甲基化基因（FDmMGenes）和单碱基DmM位点。 我们还开发了Funm6AViewer Web服务器，该服务器可从免费获得。 1.安装 Funm6AViewer取决于GenomicFeatures，GuitarFeatures，Guitar，trackViewer，DESeq2，STRINGdb，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，org.Hs.eg.db R软件包，请确保在安装Funm6AViewer之前已安装它们。 建议使用R版本> = 3.6。 安装所需的软件包 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(c("Ge
m6A驱动程序：识别特定于上下文的mRNA m6A甲基化驱动的基因相互作用网络。
03-29
m6A驱动程序：识别特定于上下文的mRNA m6A甲基化驱动的基因相互作用网络。
胶质母细胞瘤中m6A RNA甲基化调节剂的恶性评估和临床预后价值
04-05
N6-甲基腺苷（m6A）RNA甲基化是mRNA修饰的最常见形式，受m6A RNA调节。 。恶性肿瘤。 但是，它在胶质母细胞瘤（GBM）中的作用鲜为人知。 这项研究旨在确定GBM中m6A RNA甲基化调节剂的表达，潜在功能和预后价值。 在...
蓝魔使用M6 DFU升级工具方法
08-23
蓝魔使用M6 DFU升级工具方法，蓝魔使用M6 DFU升级工具方法
Trumpet:该软件包旨在可视化甲基化RNA免疫沉淀测序数据的质量评估
05-09
动机：甲基化的RNA免疫沉淀测序（m6A-seq或MeRIP-seq）已被广泛用于分析RNA N6-甲基腺苷甲基化的转录组范围内的分布。 但是，由于RNA分子的固有特性和该技术的复杂过程，m6A-seq数据经常遭受各种缺陷的困扰。 仅需要...
易基因｜综述：单细胞DNA甲基化分析方法全介绍及未来发展前景预测
E_gene的博客
05-06 943
​大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2021年07月10日，《Biomolecules》杂志上发表一篇关于单细胞表观测序的综述文章，详细介绍了单细胞DNA甲基化的实验策略、分析方法、数据分析以及相关科研应用并讨论了单细胞甲基化测序的未来发展前景。以下为原文总结分享： Introduction 在这篇综述中，作者概述了测序单细胞DNA甲基化图谱的方法，介绍了单细胞分析方法的基本原理和技术，并讨论了不同方法之间的差异。此外，因为大多数单细胞甲基化分析需要来自基因组内
IDNA-ABF: DNA甲基化可解释预测的多尺度深度生物语言学习模型
weixin_42424479的博客
11-03 914
在本研究中，提出了IDNA-ABF，这是一种多尺度深度学习生物语言学习模型，能够仅基于基因组序列对DNA甲基化进行解释性预测。基准比较表明，IDNA-ABF在不同甲基化预测方面优于最先进的方法，重要的是，展示了深度语言学习在从背景基因组中获取顺序和功能语义信息方面的威力。此外，通过可解释的分析机制，我们从很好地解释了模型所学东西，帮助我们建立了从发现重要序列决定因素到深入分析其生物功能的映射。
iDNA-ABF：DNA甲基化可解释预测的多尺度深度生物语言学习模型
m0_52930699的博客
04-03 901
在这项研究中，我们提出了IDNA-ABF，一个多尺度的深度生物语言学习模型，能够仅基于基因组序列对DNA甲基化进行可解释的预测。基准比较表明，我们的IDNA-ABF在不同甲基化预测方面的性能优于最先进的方法。重要的是，我们展示了深度语言学习的力量，它可以从背景基因组中获取顺序和功能语义信息。此外，通过集成可解释的分析机制，我们很好地解释了模型所学到的内容，帮助我们建立了从发现重要的序列决定因素到深入分析它们的生物学功能的映射。关键词：DNA甲基化、深度学习、多尺度信息处理、可解释性分析。
介绍m6A修饰在mRNA上的功能？
03-28
m6A修饰是一种常见的RNA修饰形式，特别是在mRNA上。它是在RNA分子中加入甲基基团的过程，通常发生在RNA分子的腺苷核苷酸上。m6A修饰在mRNA上的功能包括： 1. 转录后修饰：m6A修饰是在RNA分子转录后加入的，可以影响RNA分子的稳定性和降解速度。 2. 调节RNA翻译：m6A修饰可以影响RNA的识别和结合，从而调节其翻译活性。 3. 调节RNA剪接：m6A修饰可以影响RNA的剪接，从而改变RNA的可变剪接模式和可变剪接异构体的比例。 4. 调节RNA定位：m6A修饰可以影响RNA的定位和转运，从而影响RNA在细胞中的功能和调节。 总之，m6A修饰在mRNA上的功能非常多样，对细胞生物学和生化过程具有重要的影响。

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