分子动力学模拟学习-Gromacs工具链

1、总体流程

在gromacs的使用说明中有一个flow chart，比较简略。以下针对一般体系（非蛋白等领域）进行了一些调整，通用性更强。

在做分子动力学模拟时，其复杂性除了以上各种输入输出文件的操作，另一点就是力场参数、原子电荷数据的获取。从本质上讲，MD模拟软件就是读取系统内原子的位置、质量、电荷、成键和非键关系，在不同的环境条件下进行计算，而我们做的就是正确地构建输入文件。

2、几何建模

各种软件都可以，最终目标是输出.pdb。从此处开始贯彻一个原则，即当系统中存在多种分子时，最好对每种分子从建模到生成拓扑文件都单独处理，最后再汇总。

对于几何文件，汇总的方式可以是通过建模软件在盒子里加入所需的分子，或者通过gmx的内置工具如editconf，solvate和insert-molucules进行。最终汇总的pdb（或者gro）文件内，原子的编号需和汇总的拓扑文件（.top）中的原子编号一致，gmx通过该编号来对应各个原子的空间位置。

04.28补充：上述的“原子编号一致”说法不严谨。在几何文件（pdb或gro）中的原子编号是从1到n，所有分子统一编号，例如编号1~a是分子甲，a+1~b是分子乙，b+1~n是分子丙。而在top文件内，每一段落的原子编号都是从1开始的（具体的“段落”的含义见下方第3部分）。在top内，各分子的“段落”排序可以随意，但在最后的[molecules]中，分子的顺序要与几何文件内一致。此外，在[atoms]内部的原子顺序理应也要与几何文件中，对应分子的原子顺序相同。在调用grompp时，gmx会检查top中的[atoms]的第五列和几何文件的第3列是否一致，如果不一致会产生warning。

3、生成拓扑文件

3.1、x2top用于小分子或晶体

在gmx中和拓扑文件相关的文件类型有很多，有.top，.itp，.rtp，.atp。如果采用x2top工具生成拓扑文件，我们只需要关注.top和.itp类型，另外两个是用于另一个工具pdb2gmx生成拓扑文件。pdb2gmx本身适合于蛋白质、核酸等生物大分子，有许多预置的特性，不适合小分子或者晶体，但经过修改可以用于高分子聚合物，但终究是麻烦。

以下预设的情况是对于某个分子，我们并不能使用gmx的自带力场参数或原子电荷（指partial charge，以下的“原子电荷”都是这个含义），需要自行填入文献或实验数据。

.top文件有较严格的组织方式，几个部分必须按照顺序排列。一种典型的格式为：

; 行首加分号为注释语句
; gmx读取文件的逻辑是各列以空格为分隔符，连续的多个空格（不论有多少个）都会被视为是一个分隔符。所以下面标了（不重要）的项，也需要填入至少一个字符。

; 该字段分别为非键作用函数类型（LJ或buckingham），混合规则，是否考虑分子内1-4非键作用（pair），1-4非键作用的范德华作用因子，1-4非键作用的库伦作用因子
; 关于非键作用函数类型和混合规则的说明见https://manual.gromacs.org/current/reference-manual/topologies/parameter-files.html
; 关于分子内1-4非键作用见http://sobereva.com/4
[ defaults ]
; nbfunc	comb-rule	gen-pairs	fudgeLJ	fudgeQQ
1		3		yes		0.5		0.5

; 此处要填入系统内所有原子类型
; 各列分别是原子类型，该类型原子数或键类型（这列似乎不重要，填什么都可以，例如全0），原子质量（不重要，因为质量一般会在[atoms]中写），电荷（不重要，因为电荷一般会在[atoms]中写，并且同种原子电荷未必相等），
; 粒子类型（见http