VCFtools

比较文件的snp位点

vcftools --gzvcf file1.vcf.gz -gzdiff file0.vcf.gz --diff-site --out outpre

--diff-site 如果没有这个参数,则他只输出log,有这个参数,输出比较的结果。

CHROM   POS1    POS2    IN_FILE REF1    REF2    ALT1    ALT2
10      71776   71776   B       T       T       C       C
10      93603   93603   B       C       C       T       T
10      93720   93720   B       G       G       A       A
10      93816   93816   B       C       C       T       T
10      93945   93945   B       G       G       A       A
10      94545   94545   B       C       C       T       T
10      94870   94870   B       A       A       G       G
10      94872   94872   B       A       A       C       C

4列表示只在文件1或2中有,b表示都有。

 

  • 0
    点赞
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论

“相关推荐”对你有帮助么?

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值