VCFtools

比较文件的snp位点

vcftools --gzvcf file1.vcf.gz -gzdiff file0.vcf.gz --diff-site --out outpre

--diff-site 如果没有这个参数，则他只输出log，有这个参数，输出比较的结果。

CHROM   POS1    POS2    IN_FILE REF1    REF2    ALT1    ALT2
10      71776   71776   B       T       T       C       C
10      93603   93603   B       C       C       T       T
10      93720   93720   B       G       G       A       A
10      93816   93816   B       C       C       T       T
10      93945   93945   B       G       G       A       A
10      94545   94545   B       C       C       T       T
10      94870   94870   B       A       A       G       G
10      94872   94872   B       A       A       C       C

4列表示只在文件1或2中有，b表示都有。