circos 学习手册（十一）

highlights(二)

4. 高亮参数 —— 径向位置

在上一节中，我们介绍了如何通过在数据文件中设置 r0 和 r1 来调整径向范围

在下面的示例中，我们使用高亮区域的大小来控制径向范围

使用到下面三个文件

• random.highlights.r.txt - 随机径向起始
• random.highlights.rr.txt - 径向起点与区域大小成反比(最大化边缘高亮)
• random.highlights.rrr.txt - 径向起点与区域大小成反比(最大化中心高亮)

数据示例

1. random.highlights.r.txt

hs1 12813447 15004649 fill_color=chr8,z=63,r0=0.258064r,r1=0.308064r
hs1 151487423 153220290 fill_color=chr6,z=70,r0=0.304683r,r1=0.354683r
hs1 218713897 222051269 fill_color=chr13,z=44,r0=0.790087r,r1=0.840087r
...

image.png

2. random.highlights.rr.txt

hs1 96691790 100179606 fill_color=chr14,z=40,r0=0.643375r,r1=0.693375r
hs1 104310486 106272868 fill_color=chr7,z=66,r0=0.449460r,r1=0.499460r
hs1 249737699 252957824 fill_color=chr13,z=45,r0=0.609346r,r1=0.659346r
...

image.png

3. random.highlights.rrr.txt

hs1 188055253 189109682 fill_color=chr4,z=83,r0=0.822658r,r1=0.872658r
hs1 199809646 202629271 fill_color=chr10,z=54,r0=0.609478r,r1=0.659478r
hs1 80534169 81898895 fill_color=chr5,z=78,r0=0.785184r,r1=0.835184r
...

image.png

从上述图中可以看出，在径向位置上进行一些规划，可以使图像更加清晰。

第一张图显得非常的混乱，而最后一张图，其中小的高亮靠近 ideograms，可以清楚的显示数据

在绘制高亮时，应考虑将较小的特征值放置在较大的径向位置显示，越靠近圆圈就有更大的角度距离，因此更加清晰可见，而较大的结构放置在较小的径向位置显示

5. ideogram 高亮

ideogram 的高亮会绘制在其内部，因此不需要指定径向位置

在这个例子中，我们绘制了两条轨迹高亮，一条是 ideogram 圆圈上的轨迹，一条是指定径向位置的 wedge-style 轨迹

<highlights>
 <highlight>
 file       = data/3/random.highlights.z_by_size.txt
 ideogram   = yes
 </highlight>

 <highlight>
 file       = data/3/random.highlights.z_by_size.txt
 r0 = 0.5r
 r1 = 0.6r
 </highlight>
</highlights>

image.png

第一个 highlight 覆盖了每个 ideogram，把染色体条带颜色也覆盖了，在这种情况下，建议使用 wedge-style 高亮

在 ideogram 高亮对于突出显示基因组区域非常有效

当为染色体设置了 chromosome_radius 参数时，高亮的位置也会自行调整，跟着 ideogram 位置进行绘制，如下面的例子

<highlights>

z = 0
fill_color = green

<highlight>
file       = data/3/random.highlights.3chrs.txt
ideogram   = yes
</highlight>

<highlight>
file       = data/3/random.highlights.3chrs.txt
r0 = 0.5r
r1 = 0.5r+100p
</highlight>

</highlights>

image.png

5.1 为 ideogram 高亮添加透明度

可以为 ideogram 设置高亮透明色，使用方式与其他任何需要透明的元素类似

注意：如果同时设置了 ideogram 颜色，条带透明，高亮透明，那么最后显示的颜色为三种颜色的组合

设置 ideogram 高亮，只需在 fill_color 参数设置颜色后面添加 _aN，N 为透明程度

<highlights>

<highlight>
file        = highlight.txt
fill_color  = blue_a5
r0 = 0.85r
r1 = 0.95r
</highlight>

<highlight>
file        = highlight.txt
fill_color  = blue_a2
ideogram = yes
</highlight>

</highlights>

image.png

如图，只高亮了 5 个区域