GMX 命令分类列表

1. 建模和计算操作命令：
   1.1 . 创建拓扑与坐标文件
   gmx editconf - 编辑模拟盒子以及写入子组(subgroups)
   gmx protonate - 结构质子化
   gmx x2top - 根据坐标生成原始拓扑文件
   gmx solvate - 体系溶剂化
   gmx insert-molecules - 将分子插入已有空位
   gmx genconf - 增加”随机”取向的构象
   gmx genion - 在能量有利位置加入单原子离子
   gmx genrestr - 生成索引组的位置限制或距离限制
   gmx pdb2gmx - 将 PDB 坐标文件转换为拓扑文件和力场兼容的坐标文件
   1.2 文件转换
   gmx editconf - 转换和操控结构文件
   gmx eneconv - 转换能量文件
   gmx sigeps - 将 C6/12 或 C6/Cn 组合转换为 sigma/epsilon 组合, 或反过来
   gmx trjcat - 连接轨迹文件
   gmx trjconv - 转换和操控轨迹文件
   gmx xpm2ps - 将 XPM(XPixelMap)矩阵转换为 postscript 或 XPM
   1.3. 运行模拟
   gmx grompp- 生成运行输入文件
   gmx mdrun - 执行模拟, 简正分析或能量最小化
   gmx convert-tpr - 生成修改的运行输出文件
   1.4. 查看轨迹
   gmx nmtraj - 根据本征向量生成虚拟振荡轨迹
   gmx view - 在 X-Windows 终端显示轨迹
   2.结果分析命令
   2.1. 分析轨迹
   gmx gangle - 计算角度
   gmx distance - 计算两个位置之间的距离
   gmx freevolume - 计算自由体积
   gmx sasa - 计算溶剂可及表面积
   gmx select - 打印选区的通用信息
   2.2. 处理能量
   gmx enemat - 从能量文件中提取能量矩阵
   gmx energy - 将能量写入 xvg 文件并显示平均值
   gmx mdrun - 利用-rerun 选项(重新)计算轨迹中每帧的能量
   2.3. 结构间的距离
   gmx cluster - 对结构进行团簇分析
   gmx confrms - 叠合两个结构并计算 RMSD
   gmx rms - 计算与参考结构之间的 RMSD 及其矩阵
   gmx rmsf - 计算平均结构, 原子涨落, 温度因子
   2.4. 结构性质
   gmx anadock - 根据 Autodock 运行计算团簇结构
   gmx bundle - 分析轴束, 例如螺旋
   gmx clustsize - 计算原子团簇的尺寸分布
   gmx disre - 分析距离限制
   gmx hbond - 计算分析氢键
   gmx order - 计算碳末端每个原子的序参量
   gmx principal - 计算一组原子的惯性主轴
   gmx rdf - 计算径向分布函数
   gmx saltbr - 计算盐桥
   gmx sorient - 分析溶质周围的溶剂取向
   gmx spol - 分析溶质周围溶剂的偶极取向及极化
   2.5. 结构中的距离随时间的变化
   gmx mindist - 计算两组间的最小距离
   gmx mdmat - 计算残基接触映射图
   gmx polystat - 计算聚合物的静态性质
   gmx rmsdist - 计算-2, -3 或-6 次平均的原子对距离
   2.6 分布性质随时间的变化
   gmx gyrate - 计算蛋白质的回旋半径
   gmx msd - 计算均方位移
   gmx polystat - 计算聚合物的静态性质
   gmx rdf - 计算径向分布函数
   gmx rotacf - 计算分子的转动相关函数
   gmx rotmat - 计算叠合到参考结构的旋转矩阵
   gmx sans - 计算小角中子散射谱
   gmx saxs - 计算小角 X 射线散射谱
   gmx traj - 输出轨迹文件中的坐标 x, 速度 v, 力 f, 盒子, 温度和转动能
   gmx vanhove - 计算 Van Hove 位移及相关函数
   2.7 动力学性质
   gmx bar - 利用 Bennett 接受比率方法计算自由能差的估计值
   gmx current - 计算介电常数和电流自相关函数
   gmx dos - 分析态密度及相关性质
   gmx dyecoupl - 从轨迹中抽取染料动力学
   gmx principal - 计算一组原子的惯性主轴
   gmx tcaf - 计算液体的粘度
   gmx traj - 输出轨迹文件中的坐标 x, 速度 v, 力 f, 盒子, 温度和转动能
   gmx vanhove - 计算 Van Hove 位移及相关函数
   gmx velacc - 计算速度自相关函数
   3.其他分析命令
   3.1 静电性质
   gmx current - 计算介电常数和电流自相关函数
   gmx dielectric - 计算频率相关的介电常数
   gmx dipoles - 计算总偶极及其涨落
   gmx potential - 计算盒子内的静电势
   gmx spol - 分析溶质周围溶剂的偶极取向及极化
   gmx genion - 在能量有利位置加入单原子离子
   3.2. 蛋白质分析
   gmx do_dssp - 指定二级结构并计算溶剂可及表面积
   gmx chi - 计算 chi 和其他二面角的所有信息
   gmx helix - 计算α螺旋结构的基本性质
   gmx helixorient - 计算螺旋内的局部螺距/弯曲/旋转/取向
   gmx rama - 计算 Ramachandran 图
   gmx wheel - 绘制螺旋轮图
   3.3 界面
   gmx bundle - 分析轴束, 例如螺旋
   gmx density - 计算体系的密度
   gmx densmap - 计算二维的平面或轴径向密度映射图
   gmx densorder - 计算表面涨落
   gmx h2order - 计算水分子的取向
   gmx hydorder - 计算给定原子周围的四面体参数
   gmx order - 计算碳末端每个原子的序参量
   gmx potential - 计算盒子内的静电势
   3.4 协方差分析
   gmx anaeig - 分析简正模式
   gmx covar - 计算并对角化协方差矩阵
   gmx make_edi - 生成主成分动力学抽样的输入文件
   3.5 简正模式
   gmx anaeig - 分析简正模式
   gmx nmeig - 对角化简正模式分析的 Hessian 矩阵
   gmx nmtraj - 根据本征向量生成虚拟振荡轨迹
   gmx nmens - 根据简正模式生成结构系综
   gmx grompp- 生成运行输入文件
   gmx mdrun - 搜索势能最低点, 计算 Hessian 矩阵
   3.6 各类工具
   gmx analyze - 分析数据集
   gmx dyndom - 结构旋转的内插和外推
   gmx filter - 轨迹频率滤波, 用于制作平滑的动画
   gmx lie - 根据线性组合估计自由能
   gmx morph - 构象间的线性内插
   gmx pme_error - 根据给定的输入文件估计使用 PME 的误差
   gmx sham - 根据直方图计算自由能或其他直方图
   gmx spatial - 计算空间分布函数
   gmx traj - 输出轨迹文件中的坐标 x, 速度 v, 力 f, 盒子, 温度和转动能
   gmx tune_pme - 计算 mdrun 的运行时间与 PME 进程数的关系以优化设置
   gmx wham - 伞形抽样后进行加权直方分析
   gmx check - 检查并比较文件
   gmx dump - 生成人类可读的二进制文件
   gmx make_ndx - 制作索引文件
   gmx mk_angndx - 生成用于 gmx angle 的索引文件
   gmx trjorder - 根据到参考组原子的距离对分子排序
   gmx xpm2ps - 将 XPM(XPixelMap)矩阵转换为 postscript 或 XPM
   gmx angle - 计算键角和二面角的分布及相关
   gmx mk_angndx - 生成用于 gmx angle 的索引文件

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