基于snpeff进行snp注释

#总体思路：基于conda下载snpeff,会配置好java环境问题，但是conda不好修改snpEff.config，在此环境配置好的基础上，单独下载snpeff，开始运行
#snpeff下载
wget -c https://snpeff.blob.core.windows.net/versions/snpEff_latest_core.zip
#解压
unzip snpEff_latest_core.zip
#vim 编辑器修改snpEff.config文件1.修改data路径 2.加入目标物种
vim snpEff.config
#下两行粘贴到snpEff.config最后
#Arabidopsis,version Arabidopsis
Arabidopsis.genome : Arabidopsis
#SnpEff下面新建data文件夹，并在里面新建你添加的物种的文件夹
#data下分别新建文件夹Arabidopsis(放入注释文命名为genes.gff)和genomes(放入Arabidopsis.fa）
#添加执行权限
chmod +x snpEff.jar
chmod +x SnpSift.jar
#建库
java -jar snpEff.jar build -gff3 -c snpEff.config -v Arabidopsis -d -noCheckCds -noCheckProtein
#注释
java -Xmx8g -jar ../snpEff.jar -o gatk -v Arabidopsis ./merged_snp.vcf > merged_snp.ann.vcf