2020.10.28【GWAS】丨SnpEff工具对SNP进行注释的使用方法

本篇代码参考了简述作者：LiuYueRR 的snpeff使用文档，下面对注释过程进行复盘

1.1安装snpEff方法

conda install snpeff

 可以很快捷自动安装，不过，我们在使用snpeff时，需要用到安装包的路径，我是使用miniconda进行安装的，如果大家也是使用miniconda，那么路径应该为/home/username(每个人不一样)/miniconda3/pkgs/snpeff-5.0-0/share/snpeff-5.0-0。

2.1构建SnpEff数据库

SnpEff软件的运行，首先需要基因组fasta序列信息和GTF注释信息，来构建数据库。

配置文件步骤如下：

1.在~/miniconda3/pkgs/snpeff-5.0-0/share/snpeff-5.0-0目录中，创建一个文件夹：data
2.在~miniconda3/pkgs/snpeff-5.0-0/share/snpeff-5.0-0/data目录下，创建两个文件夹，第一个存放基因组注释文件（gtf），第二个存放基因组序列文件（fa），如果下载的是fna格式，请修改一下后缀。
    GCF_002163495.1_Omyk_1.0_genomic/  

    genomes/
    这两个文件夹中，分别放置gtf文件和基因组序列fa文件
    genes.gtf (gtf文件名严格改为genes.gtf，不然无法识别注释文件)

    GCF_002163495.1_Omyk_1.0_genomic.fa
3.编辑~/miniconda3/pkgs/snpeff-5.0-0/share/snpeff-5.0-0/snpEff.config文件
    在文件的最后一行添加信息：
    GCF_002163495.1_Omyk_1.0_genomic.genome: oncorhynchus mykiss （前缀要和代码对应）

构建数据库步骤如下：

java -jar /miniconda3/pkgs/snpeff-5.0-0/share/snpeff-5.0-0/snpEff.jar build -c ~/snpEff/snpEff.config -gtf22 -v GCF_002163495.1_Omyk_1.0_genomic

#参数说明
java -jar: Java环境下运行程序
-c snpEff.config配置文件路径
-gff3 设置输入基因组注释信息是gff3格式，如果是gtf文件请改为-gtf22
-v 设置在程序运行过程中输出的日志信息
最后的-v参数 设置输入的基因组版本信息，和snpEff.config配置文件中添加的信息一致

注意：使用conda安装后，其实可以直接调用snpEff命令进行运行，但我使用时会出现

java报错的情况：java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space，所以最好严格以java程序运行

如果运行成功，会看到如下运行情况

运行比较长的一段时间

2.2使用SnpEff进行注释

 

java -jar ~/miniconda3/pkgs/snpeff-5.0-0/share/snpeff-5.0-0/snpEff.jar build -c ~/miniconda3/pkgs/snpeff-5.0-0/share/snpeff-5.0-0/snpEff.config -gff3 -v GCF_002163495.1_Omyk_1.0_genomic
#搭建基因组数据库
awk '{$1="";print $0}' OFS="\t" AxiomGT1.calls.vcf > col_2.vcf
#如果你的染色体与数据库不一致，那么可以手动生成染色体序列文件col_chr2.vcf
paste -d '' col_chr2.vcf col_2.vcf >AxiomGT1.vcf 
#合并序列
sed -n l AxiomGT1.vcf 
#检查vcf文件格式是否一致，要求分隔符为“\t”
java -jar ~/miniconda3/pkgs/snpeff-5.0-0/share/snpeff-5.0-0/snpEff.jar eff -c ~/miniconda3/pkgs/snpeff-5.0-0/share/snpeff-5.0-0/snpEff.config GCF_002163495.1_Omyk_1.0_genomic AxiomGT1.vcf > AxiomGT1.snp.eff.vcf -csvStats AxiomGT1_positive.csv -stats AxiomGT1_positive.html
#对snp进行注释
 

最终会产生四个文件 AxiomGT1.snp.eff.vcf AxiomGT1_positive.html AxiomGT1_positive.csv AxiomGT1_positive.genes.txt