TCGA下载工具GDC-client Mac安装和路径设置

TCGA下载工具GDC-client Mac安装和路径设置

我第一次用TCGA数据库是2014年的事情了，兜兜转转几年下来，回头又需要TCGA，点进去发现大清都亡了（吐血的学习成本……），OK fine，来重新学习。我用的是Mac+zsh+iterm，比较烦的是找得到安装指导，Mac的配套教程相对少，且没有人说Mac绝对路径咋设啊，所以自己动手，这里提供两个方法：

安装包链接：https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool

使用说明：https://docs.gdc.cancer.gov/Data_Transfer_Tool/Users_Guide/Data_Download_and_Upload/

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步骤1：安装

系统推荐配置（下面的配置引自安装包链接）：

System Recommendations

• OS: Linux (Ubuntu 14.x or later, CentOS 7), OS X (10.9 Mavericks or later), or Windows (7 or later)
• CPU: Two 64-bit cores, Intel or AMD
• RAM: 8 G or more
• Storage: Enterprise-class storage system capable of ≥1 Gb/s write throughput and sufficient free space for BAM files, most of which are in the 50 MB - 40 GB size range, with some reaching sizes of 200-300 GB.

 

点击网页里对应的下载包连接，MAC的是：

MAC OSX x64：

命令行版本：gdc-client_v1.6.1_OSX_x64-py3.7-macos-10.15.zip

交互界面版：dtt-ui_v0.6.0_Mac_x64.zip

版本会有更新，旧版本官网没有链接，居然还有点难找，这里贴两个个我扒到的连接，以便小伙伴怀疑自己的问题是由于不同版本引起来下载使用：

Github的：https://github.com/NCI-GDC/gdc-client/releases

Github里面有：gdc-client 1.6.0、1.5.0、1.4.0、1.3.0、1.2.0等之前的版本。

Docker的：https://hub.docker.com/r/sbamin/gdc-client

这位好心网友的Docker里面是gdc-client 1.3.0版本。

下载好后双击解压就行，记好解压到的文件夹位置，一会添加路径会用到。

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步骤2：设置路径

方法2.1：常规方法——vim .zshrc(如果你是Bash，就vim .bash_profile）添加$PATH。

​
vim ~/.zshrc

​#添加你解压官网下载好的zip解压出来的gdc-client所在的文件夹路径就可以啦：

export PATH="<gdc-client所在的文件夹路径>:$PATH"
#栗子: export PATH="download/data:$PATH"

方法2.2：剑走偏锋——图管理简便的话，把解压好的gdc-client 拖入根目录的bin里，原理就是根目录的bin本来就在PATH里的哈哈哈~哎就这样吧。

     因为原本的 ~/.zshrc是有以下路径的：

      ## If you come from bash you might have to change your $PATH.
      export PATH=$HOME/bin:/usr/local/bin:$PATH#
   

     这个export指向的其实就是电脑的可执行程序的根目录

     所以剑走偏锋，且便于管理的做法（万一你把储存gdc-client的文件夹删掉了呢，对吧）
     直接把安装好的gdc-client复制到这个根目录下去，就可以执行了

cp gdc-client所在文件夹路径/gdc-client /usr/local/bin

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步骤3：运行测试

原来是找不到的：

按照步骤添加后，就能愉快的玩耍了：

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花絮

【步骤2的诞生】

我本来想实施步骤1，但因为
export PATH="<gdc-client所在的文件夹路径>:$PATH"

输入成了
export PATH="<gdc-client所在的文件夹路径>/gdc-client:$PATH"

把自己困了一早上，于是想了步骤2.（想抽死自己=_=||），求求了。

重要的事情说三遍，PATH请添加软件所在文件夹，不是软件本身。请添加软件所在文件夹，不是软件本身。请添加软件所在文件夹，不是软件本身。