ATAC-seq 和 DNase-seq 数据处理管道指南

ATAC-seq 和 DNase-seq 数据处理管道指南

atac_dnase_pipelines ATAC-seq and DNase-seq processing pipeline 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/at/atac_dnase_pipelines

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项目介绍

本项目为ATAC-seq（Accessible Chromatin Assay for Regulatory Elements Sequencing）和DNase-seq（Deoxyribonuclease sequencing）数据自动化端到端的质量控制和处理设计的管道。它支持在具有作业提交引擎的计算集群或独立机器上运行，并利用了并行化或分布式计算。自2018年6月起被标记为废弃，推荐更新至基于WDL的管道ENCODE-DCC/atac-seq-pipeline。但此旧版仍可作为参考，适用于从原始FASTQ文件开始直至峰值调用和信号轨迹生成的全流程，或从中间阶段开始执行。

项目快速启动

获取源码

首先，克隆项目库时记得加上--recursive以正确获取子模块：

git clone https://github.com/kundajelab/atac_dnase_pipelines.git --recursive

环境准备

安装必要的软件和依赖项，包括Java 8、Conda、以及BigDataScript等。创建一个Miniconda3环境并安装特定的依赖。以下仅示例Java安装步骤，完整过程应参照项目仓库的最新说明。

sudo apt-get install git openjdk-8-jre  # 对于Debian/Ubuntu系统

配置Conda环境及安装其他依赖，请依据实际操作系统和个人需求完成相应步骤。

运行基础任务

假设您已经完成了所有必需的设置，典型的管道启动命令需根据实际情况调整，这里提供一个概念性的启动点，具体参数应查阅最新的文档或帮助信息：

bds atac /path/to/your/input/files

请注意，实际使用中需要依据您的数据路径和配置进行修改。

应用案例和最佳实践

• 数据预处理: 开始前，确保对ATAC-seq或DNase-seq的原始数据进行了质量评估，清理可能存在的_adapter_并进行适当的修剪。
• 批处理作业: 在大规模分析多个样本时，合理利用队列系统如SGE或SLURM，通过提交脚本管理批量作业。
• 优化内存使用: 根据系统配置调整BigDataScript的内存参数，以防止运行期间的资源瓶颈。

典型生态项目

虽然本项目本身定义了一套处理流程，其生态环境中的其他相关项目也值得注意，例如ENCODE项目的官方ATAC-seq管道，这是一个进阶版本，采用WDL（Workflow Description Language），更适配于现代的生物信息学工作流管理和分布式计算环境。用户可以根据自己的研究需求选择适用的工具集。

git clone https://github.com/ENCODE-DCC/atac-seq-pipeline.git

对于希望深入整合和扩展ATAC-seq和DNase-seq分析的开发者和研究者，探索这些生态内的工具和框架是十分有益的。

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以上概括了ATAC-seq 和 DNase-seq 数据处理管道的基本指导，详细步骤和配置文件的定制需要参考项目仓库的具体文档，确保遵循最新的安装和使用指引。

atac_dnase_pipelines ATAC-seq and DNase-seq processing pipeline 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/at/atac_dnase_pipelines