ATAC-seq以及相关技术(DNase-seq,MNase-seq，NOMe-seq)的发展

ATAC-seq技术及相关技术的发展

Reveling in the Revealed这篇文章中，对DNase-seq和ATAC-seq还有MNase-seq相关技术原理以及优缺点进行了总结。具体如下:

首先，向我们了解到的，CHIP-seq即染色质免疫共沉淀质谱技术，它主要通过对已知的蛋白，通常是目的转录因子TF免疫沉淀，抓取与该TF结合的DNA片段，然后再进一步的扩增，找到TF的潜在靶基因。通常这种方法是由很大局限的:

• 这种方法智能找到潜在的有限的转录因子的靶基因。而不能找到基因组范围内所有被蛋白质保护的区域。

而文章中提到的DNase-seq 主要是利用DNase酶1对基因组上具有DNase敏感型的位置进行切割，即通过酶进行消化，然后对消化后的片段进行扩增，最后对测序出来的数据分析峰值，找到，有蛋白质保护的区域通常是转录因子以及核小体结合的位置。

这种方法的优缺点是
优点

• 方法较为简单，易于建立实验体系，已应用于多种细胞，并且对其切割误差有较好的了解；
• 通过测序的结果，间接的推测核小体以及转录因子的结合位点。

缺点:

• 此种方法很难控制最佳的消化条件，与此同时，对需要处理的细胞的数目要求较多，比较费时费力，通常需要的细胞数目达到几百万个；
• 由于其对测序所需要的细胞的数目要求较多，因此对一些样本量较少的细胞来说&#