ATAC-seq技术及相关技术的发展
Reveling in the Revealed这篇文章中,对DNase-seq和ATAC-seq还有MNase-seq相关技术原理以及优缺点进行了总结。具体如下:
首先,向我们了解到的,CHIP-seq即染色质免疫共沉淀质谱技术,它主要通过对已知的蛋白,通常是目的转录因子TF免疫沉淀,抓取与该TF结合的DNA片段,然后再进一步的扩增,找到TF的潜在靶基因。通常这种方法是由很大局限的:
- 这种方法智能找到潜在的有限的转录因子的靶基因。而不能找到基因组范围内所有被蛋白质保护的区域。
而文章中提到的DNase-seq 主要是利用DNase酶1对基因组上具有DNase敏感型的位置进行切割,即通过酶进行消化,然后对消化后的片段进行扩增,最后对测序出来的数据分析峰值,找到,有蛋白质保护的区域通常是转录因子以及核小体结合的位置。
这种方法的优缺点是
优点
- 方法较为简单,易于建立实验体系,已应用于多种细胞,并且对其切割误差有较好的了解;
- 通过测序的结果,间接的推测核小体以及转录因子的结合位点。
缺点:
- 此种方法很难控制最佳的消化条件,与此同时,对需要处理的细胞的数目要求较多,比较费时费力,通常需要的细胞数目达到几百万个;
- 由于其对测序所需要的细胞的数目要求较多,因此对一些样本量较少的细胞来说&#