ATAC-seq原理及现有技术的比较

最新推荐文章于 2024-07-27 17:40:25 发布

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分类专栏：文献阅读分析表观遗传学文章组学

本文链接：https://blog.csdn.net/leianuo123/article/details/102702237

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本文介绍了染色质可接近性评估技术，包括DNase-seq、ATAC-seq、MNase-seq和NOMe-seq。ATAC-seq因其高效和低细胞需求量而成为研究热点，而NOMe-seq能同时检测DNA可接近性和甲基化状态。随着单细胞测序技术的发展，单细胞水平的染色质可接近性研究也在逐步推进。

摘要由CSDN通过智能技术生成

Chromatin accessibility and the regulatory epigenome Sandy 文献阅读及分析总结

在这里插入图片描述
在开始讲述之前，我们先来了解一下本文中接下来的几种染色质可接近性的技术，主要包括早期的DNase-seq技术，ATAC-seq技术。
首先对于染色质的可接近性的评估
对于染色质的可接近性的评估，通常是通过量化染色质的甲基化状态以及对DNase的敏感性来量化的。DNA超敏感化，于1973年，Hewish和他的同事使用DNA内切酶对染色质进行片段化，显示核小体在整个基因组中具有周期性超敏反应，即在染色体上存在对DNA酶敏感的位点，这些位点证实裸漏在染色体上无组蛋白包裹的DNA。DNA超敏感位点呈现出周期性的规律，即切割后的DNA片段都在100-200bp左右，这也证实了染色体的基本单位核小体的存在。