ATAC-seq原理及现有技术的比较

Chromatin accessibility and the regulatory epigenome Sandy 文献阅读及分析总结

在开始讲述之前，我们先来了解一下本文中接下来的几种染色质可接近性的技术，主要包括早期的DNase-seq技术，ATAC-seq技术。
首先对于染色质的可接近性的评估
对于染色质的可接近性的评估，通常是通过量化染色质的甲基化状态以及对DNase的敏感性来量化的。DNA超敏感化，于1973年，Hewish和他的同事使用DNA内切酶对染色质进行片段化，显示核小体在整个基因组中具有周期性超敏反应，即在染色体上存在对DNA酶敏感的位点，这些位点证实裸漏在染色体上无组蛋白包裹的DNA。DNA超敏感位点呈现出周期性的规律，即切割后的DNA片段都在100-200bp左右，这也证实了染色体的基本单位核小体的存在。

第一个大规模应用染色体可接近技术的方法是在2006年，当时在一对研究中首次报道了开放染色质的基因组尺度测量，该研究将从天然染色质中分离的DNA酶切片段杂交到覆盖人类基因组1%的平铺微阵列上。这也是最早的DNase-seq技术，研究者们通过短读长测序，即DNase-seq来研究染色质的可接近性。

本文中介绍的第二种技术是ATAC-seq，这种技术，主要是利用超活性的Tn5转座酶，通过在转座酶复合物上连接上测序的barcode,在进一步在转座酶复合物的作用下，在染色质的可接近进区域插入转座酶所需要的序列(带有barcode)。ATAC