KEGG数据库以及 KAAS 网站注释

本文分享了使用KEGG数据库进行基因功能注释的方法,包括Prokka预处理FAA文件,通过kaas比对获取代谢通路图(KO)和K号信息,并介绍了如何在KOBAS上进行KEGG富集分析。作者强调了实践过程中的心得和鼓励持续学习的态度。

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1. KEGG

现在自己用到的KEGG数据库主要是功能注释,下面谈一下我再用KEGG 时候的经验吧。
首先在kaas上传数据做基因的注释。
我们用的是prokka注释过后的faa文件:是蛋白序列。
当然基因序列也可以。

在这里插入图片描述

kaas 比对网站

https://www.genome.jp/tools/kaas/

在这里插入图片描述

得到的结果会在kaas的网站:
在这里插入图片描述
上面图片的text文件是下面的内容:
在这里插入图片描述
打开html之后内容就是:
在这里插入图片描述
代谢通路图(ko):
在这里插入图片描述
K号信息:
在这里插入图片描述

另外在kobas上可以做kegg富集分析
https://www.jianshu.com/p/1b05500e4983 (可参考这个网站)

总觉得自己写的有很多偏差,心静不下来,就写的很不好。
但是坚持下去吧! 加油。。。

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