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orthofinder可视化
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根据orthofinder结果中的单拷贝直系同源基因建树
我的博客 -
针对不同基因集(Group)所包含的全部基因提取其蛋白序列,进行COG与KEGG功能注释,阈值 E-value≤1e-5
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COG功能归类与富集,KEGG代谢通路分类和富集,阈值 FDR≤0.001
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对富集在某功能类别的基因数量 10 以下的 COG和 KEGG 条目忽略不计
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以全基因组的 COG和 KEGG富集到每个功能条目的比例作为平均分布水平,将不同基因集富集结果与平均分布水平进行比较&#x
2020-12-16 垂死挣扎
最新推荐文章于 2023-10-10 13:22:11 发布
本文详述了使用Orthofinder结果进行单拷贝直系同源基因建树,并对不同基因集进行COG和KEGG功能注释。通过设定阈值筛选,分析基因在功能类别的富集情况,以柱状图和Venn图展示比较结果。此外,还涉及转录因子家族注释及基因岛、CAZYme和SNP分析。
摘要由CSDN通过智能技术生成