利用细胞流式术测定基因组大小和倍性

在denovo基因组测序中，通常会先预估基因组大小，杂合度等信息，根据基因组大小和复杂度来判断测序数据的深度，组装基因组的难易程度等。

预测基因组大小的方法主要有两种，基于Kmer频率的survey分析和基于流式细胞术（Flow Cytometry）的实验方法。

流式细胞术是一种经济高效、相对准确且快速的植物基因组大小估计的实验技术。与 DNA 定量结合的荧光染料对完整细胞核进行染色来估计 DNA 量。在木本植物中高浓度的酚类化合物，可能会导致化学计量误差。

基因组大小也可以通过 Illumina 测序数据的 k-mer 分析进行估计。许多用于生成 k-mer 频率的工具（例如，KAT 、Jellyfish）和基于 k-mer 的基因组大小估计（BBNorm 、Genomescope、FindGSE) 已开发。文章来源

利用Jellyfish软件进行 k-mer频率分布分析。绘制频率图，计算C.lansium 的基因组大小:

公式为:基因组大小= k-mer_Number/Peak_Depth---k-mers总数为43,517,379,287，峰深度为142。

1.测定原理：

2.流程：

3.方法步骤：（DOI：10.3969/j.issn.1000-2561.2021.05.005）

注意：最后将流式推测的结果和k-mer评估的结果进行对比。