GEO : Affymetrix CEL文件 CDF文件 R语言处理方法

本文介绍了如何使用R语言处理Affymetrix CEL和CDF文件进行生物信息学分析,包括利用exonmap和affy包进行数据读取、转换,以及差异表达探针筛选和探针过滤。同时提到了X:MAP数据库在探针、外显子、基因和转录产物转换中的应用。
摘要由CSDN通过智能技术生成

我竟然开始在csdn上贴生物文章了,我还真是个银才

背景介绍:
1)Affymetrix:

     Affymetrix的探针(proble)一般是长为25碱基的寡聚核苷酸;探针总是以perfect match 和mismatch成对出现,其信号值称为PM和MM,成对的perfect match 和mismatch有一个共同的affyID。
     CEL文件:信号值和定位信息。
     CDF文件:探针对在芯片上的定位信息
      Affymetrix exon array :Affymetrix的外显子芯片
2)exonmap包:
      用来分析Affymetrix的外显子芯片(需要用到affy包)。(http://www.bioconductor.org/packages/2.0/bioc/html/exonmap.htmlhttp://rss.acs.unt.edu/Rdoc/library/exonmap/html/00Index.html
3) af

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