Ubuntu系统下freesurfer的安装

花了一个白天才安装配置好，太逆天了，赶紧写个记录给大家参考以下。

===================下载===================

官网下载：DownloadAndInstall - Free Surfer Wiki

点击7.X_releases

找到适合自己系统的版本，我下载的是tar.gz文件，其他的文件应该只是压缩方式不同

下载完成后可以直接在图形界面解压到自己想放的地方

====================注册===================

软件的使用需要注册，注册网址：FreeSurfer Registration form

然后会收到一份license.txt文件，把它复制到freesurfer文件夹下即可

不过我是看了大佬的视频，直接拿了他的license文件，参考：20200922-freesurfer安装及简单使用_哔哩哔哩_bilibili

====================配置===================

找到主目录下的.bashrc文件，打开它，把下面的代码添加到文件末尾

        export FREESURFER_HOME=<freesurfer所在的路径>
        source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
        export QT_DEBUG_PLUGINS=1

（.bashrc文件是隐藏文件，可以在图形界面中显示隐藏文件，双击进入修改；

也可以直接在终端输入sudo gedit ~/.bashrc进行修改）

保存退出，并在终端中键入

        source ~/.bashrc

目的是让刚刚的配置生效

配置成功之后每次打开终端都会出现（如果讨厌这段输出的话，可以在上面的"source …… Surfer.sh"后面加上“ > /dev/null ”，把这段输出重定向给null）

接着在终端输入

        recon-all --help

如果出现/bin/tcsh：解释器错误: 没有那个文件或目录

说明系统里没有装tcsh，在终端键入

        sudo apt-get installl tcsh

即可

如果一切顺利，那输入recon-all --help应该会输出帮助信息。

==================关于freeview===============

这是freesurfer的一个可视化工具，可以在终端输入：

        freeview

来打开它

如果出现报错：（参考ubuntu20.04 报错：This application failed to start because no Qt platform plugin could be initialized._ubuntu this application failed to start because no_皎皎如月明的博客-CSDN博客https://blog.csdn.net/mingrisanyang/article/details/126809479#:~:text=%E6%9F%A5%E4%BA%86%E4%B8%80%E4%B8%8B%E6%98%AF%E5%9B%A0%E4%B8%BAfreeview%E4%B8%AD%E8%B0%83%E7%94%A8%E7%9A%84python%E4%BE%9D%E8%B5%96qt%EF%BC%8C%E4%BD%86%E6%98%AFqt%E6%B2%A1%E8%A3%85%E5%A5%BD%E3%80%82%202.%E5%86%8D%E8%BF%90%E8%A1%8Cfreeview%EF%BC%8C%E8%BF%99%E4%B8%AA%E6%97%B6%E5%80%99%E4%BC%9A%E8%AF%A6%E7%BB%86%E6%8A%A5%E5%91%8A%E7%BC%BA%E5%B0%91%E5%93%AA%E4%BA%9B%E5%BA%93%E3%80%82%201.%E5%85%88sudo%20gedit,~%2F.bashrc%E3%80%82%20%E5%85%B6%E4%BB%96%E7%B1%BB%E4%BC%BC%E7%9A%84%E4%BE%9D%E8%B5%96%E4%BA%8Eqt%E7%9A%84%E5%91%BD%E4%BB%A4%E4%B9%9F%E5%8F%AF%E4%BB%A5%E5%8F%82%E8%80%83%E8%BF%99%E4%B8%AA%E3%80%82%20%E7%84%B6%E5%90%8E%E4%BF%9D%E5%AD%98%EF%BC%8Csource%E4%B8%80%E4%B8%8B%E9%85%8D%E7%BD%AE%E6%96%87%E4%BB%B6%E3%80%82%203.%E5%86%8Dfreeview%E5%B0%B1%E5%8F%AF%E4%BB%A5%E6%89%93%E5%BC%80%E4%BA%86%E3%80%82%20%E6%89%93%E5%BC%80%E9%85%8D%E7%BD%AE%E6%96%87%E4%BB%B6%EF%BC%8C%E5%9C%A8%E5%90%8E%E9%9D%A2%E5%8A%A0%E4%B8%80%E8%A1%8C%E3%80%82

Cannot load library /home/freesurfer/lib/qt/plugins/platforms/libqxcb.so: (libxcb-xinput.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory)
QLibraryPrivate::loadPlugin failed on "/home/freesurfer/lib/qt/plugins/platforms/libqxcb.so" : "Cannot load library /home/freesurfer/lib/qt/plugins/platforms/libqxcb.so: (libxcb-xinput.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory)"
This application failed to start because no Qt platform plugin could be initialized. Reinstalling the application may fix this problem.

Available platform plugins are: eglfs, linuxfb, minimal, minimalegl, offscreen, vnc, wayland-egl, wayland, webgl, xcb.

根据上面标成蓝色的部分，可以知道缺了什么东西，

在终端键入

        sudo apt install libxcb-xinput0

然后再次尝试输入freeview打开它，有可能还会有其他报错，比如我就还有一个报错：

Cannot load library /home/cat/Software/freesurfer/lib/qt/plugins/platforms/libqxcb.so: (libxcb-xinerama.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory)
QLibraryPrivate::loadPlugin failed on "/home/cat/Software/freesurfer/lib/qt/plugins/platforms/libqxcb.so" : "Cannot load library /home/cat/Software/freesurfer/lib/qt/plugins/platforms/libqxcb.so: (libxcb-xinerama.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory)"
This application failed to start because no Qt platform plugin could be initialized. Reinstalling the application may fix this problem.

Available platform plugins are: eglfs, linuxfb, minimal, minimalegl, offscreen, vnc, wayland-egl, wayland, webgl, xcb.

同样在标蓝的部分可以知道缺了什么，在终端键入：

        sudo apt install libxcb-xinerama0

即可

有其他报错的话，应该都是这样处理。（至于为啥报错的是libxcb-xinerama.so.0，输入的却是libxcb-xinerama0我也不太清楚，有大佬知道的话教一下）

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