2024-生物信息学-CGGA 数据库的分析

itwangyang520

于 2024-04-17 10:40:12 发布

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分类专栏： Python3 文章标签：数据库 python

本文链接：https://blog.csdn.net/itwangyang520/article/details/137863307

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CGGA是中国的一个胶质瘤基因组数据库，包含大量临床数据和多种类型的基因组数据。文章详细介绍了如何下载和使用数据库中的临床信息，如单细胞RNA测序数据和原始FASTQ数据，以及这些数据在生物信息学研究中的应用和注意事项。

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CGGA 数据库的分析

0. 什么是CGGA

CGGA（Chinese Glioma Genome Atlas）是一个包含大量中国胶质瘤患者基因组数据的资源库。它的目的是为研究人员提供一个用户友好的网络应用程序，用于存储和分析超过2000个中国队列中的脑肿瘤数据集。这个数据库包括全外显子测序、DNA甲基化、mRNA测序、mRNA微阵列和microRNA微阵列等多种数据类型。

1. 网址

http://www.cgga.org.cn/download.jsp
点击进去下载页面

2. 进行下载数据的准备

Download
Clinical Data [Total number of visits: 5467]
scRNAseq UMI Count Matrix [Total number of visits: 4297]
Raw Fastq Data (BIGD accession number: HRA000179)